[综合交流] 求助氨基酸与非标准残基存在弱氢键作用下，在不同pH下的质子化状态判断

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Muby

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发表于 Post on yesterday 12:13 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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各位老师好，我最近在判断一个ASP的质子化状态，它与非标准残基局部环境(-N-H)有弱氢键的作用，在改变pH状态后想看看ASP会不会去质子化，在amber中，我已经试过了constant pH(MC)发现在pH改变后去质子化的可能性极高，而λ动力学constant pH则显示比较低，(都用了REMD，模拟设置基本一致)，有可能是什么问题，另外想用QM/MM或同类量化方法进行更深入的分析判断，请问有没有具体的过程方法可以提供呢？

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