ORmagiCA : 让GaussView和ORCA完美集成的桌面助手

Accelerator

由于免费、高效的特性且支持大量先进方法，ORCA日渐成为了量子化学研究中不可或缺的工具。尽管ORCA的输入输出文件结构并不复杂，但由于缺乏一款杀手级的图形化工具，使用ORCA的工作流仍然让人疲惫，经常需要在不同软件之间来回切换、不得不反复复制提取各种文本信息。Sobereva开发了OfakeG（OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元），可以将ORCA输出文件转换为Gaussian的.log文件格式，从而让GaussView读取；但手动调用OfakeG、用GaussView打开生成的.log文件的多步操作仍然繁琐，而且在GaussView里建立好模型后想转化成ORCA输入文件仍然要手动复制坐标。
ORmagiCA的作用就是彻底打通工作流，让用户能够用GaussView一个软件搞定大部分与ORCA相关的操作，使用户获得如同用GaussView处理Gaussian输入输出文件一样的畅快感受。
ORmagiCA是一个基于Autohotkey 2的桌面助手。在安装Autohotkey 2后，双击ORmagiCA.ahk文件即自动在后台运行。我们也可以把它加入到启动项中。

1. 初次使用的设置
ORmagiCA需要调用GaussView和OfakeG的可执行文件。初次使用时，需要先设置它们的位置；随后，它会生成一个ORmagiCA_settings.ini文件记录设置信息，以后就会自动读取。
设置方法为：
首先打开GaussView，然后按下组合键Ctrl+Shift+D，召唤设置对话框。然后将相应路径填写进去即可。当鼠标点击别的地方时，这个对话框自动隐藏，随时可以通过相同方法召唤。这个组合键仅在GaussView激活时生效，不会影响到其他程序。

在路径下方，还有一个“关键字预设”列表，在第（4）部分会介绍。

2. 载入ORCA输入/输出文件在资源管理器中选中ORCA输出文件（.out）或输入文件（.inp），按下组合键Ctrl+Shift+G，ORmagiCA就会被唤醒。

• 对于.inp文件，它会直接读取并载入到GaussView里；
• 对于.out文件，它会调用OfakeG进行格式转换再载入。
  

这些转换过程都会在当前目录首先生成一个以_fake.gjf或_fake.log结尾的中间文件，等待GaussView打开后自动删除。

无论是.inp还是.out文件，ORmagiCA都会识别其中的电荷、自旋多重度、nprocs并行设置、memory内存设置（自动换算成Gaussian的%memory）、关键字（以!开头）、其他以%开头的选项。由于GaussView无法预览带有斜线的关键字，诸如def2-SVP/C等中的斜线会被替换成问号。以%开头的选项会被统一放在“Additional Input”里。

3. 保存ORCA输入文件
当且仅当正在打开的窗口是GaussView时，ORmagiCA会重载组合键Ctrl+Shift+S，用于将当前分子保存成ORCA输入文件（.inp）。按下这一组合键，选择文件名（以.gjf结尾）后，GaussView保存.gjf文件，ORmagiCA随即介入，将其转化为同名.inp文件，并删除中间体.gjf文件。这一转化相当于（2）中读取过程的逆过程：电荷、自旋多重度、nprocs、maxcore、关键字写法等都会自动转换。

4. 关键字预设
ORmagiCA的一个特色功能是关键字预设。
按下组合键Ctrl+Shift+D召唤设置对话框，底部的ORCA关键字列表带有一个默认值“No change”。选择此项，则保存输入文件时遵循（3）中的逻辑，关键字与GaussView内预览的相同。
我们经常需要将opt freq的最终构型转化为带有特定关键字的进一步任务，关键字预设就是为了应对这种场合。通过最底部的文本框添加关键字，在列表中选中，然后在别的地方点击一下隐藏掉设置窗口，接下来保存.inp文件时，无论GaussView内预览的关键字是什么，保存出来的都会是在设置窗口里选中的关键字。
当然，如果你想切换回默认模式，可以随时将选择项改成“No change”。

这些设置同样会保存在ORmagiCA_settings.ini里，不需要每次启动时都输入。


5. 引用
如果你的工作流中使用了ORmagiCA，欢迎引用Github页面：

Yumiao Ma. KST48: ORmagiCA: A desktop helper to adapt GaussView with ORCA. https://github.com/RimoAccelerator/ORmagiCA, accessed on xxxx.xx.xx.

本介绍首先发表在SCI-LIB论坛（https://sci-lib.club/）上，欢迎大家有空来玩。