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[GROMACS] 关于磷脂双分子层的拓扑文件问题

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本帖最后由 xsc6 于 2025-8-15 00:22 编辑

各位老师好,我想构建一个磷脂双分子层来跑MD,后续也会进一步插入一些分子,目前我用到的磷脂分子是PSPG(见下图),我想寻找这个磷脂的力场参数,但是没有找到,目前
(1)在https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.1c01217中拟合了用于用于amber的Lipid21力场,里面包含了DSPG,但他是适合amber力场的,没接触过amber,有点难看懂,请问有办法将这个参数转变成适合gromacs的拓扑文件么?
(2)如果不采用文献的参数,我使用soptob产生这个分子的参数,然后构建双层膜跑md,可行么这样的方法是否可行呢?
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2#
发表于 Post on yesterday 23:22 | 只看该作者 Only view this author
没有叫soptop的东西

AMBER力场和AMBER程序完全是两码事,GROMACS显然可以用AMBER力场

本论坛里都有人分享过Lipid力场用于GROMACS的拓扑文件:
AMBER19SB蛋白质参数 + 磷酸化残基phosaa 19SB参数 + OL21 DNA参数 + OL3 RNA参数 + Lipid 17磷脂参数及拉直的磷脂结构文件
http://bbs.keinsci.com/thread-54094-1-1.html

对于没有现成的专门拓扑文件的磷脂,再试图用sobtop产生拓扑文件
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-14 23:22
没有叫soptop的东西

AMBER力场和AMBER程序完全是两码事,GROMACS显然可以用AMBER力场

(1)非常抱歉sob老师,手抖了打快了,已更正
(2)我的表达不清,这篇文献作者应该是amber跑的,作者在补充材料上传了lipid21的参数集,看的有点晕不知道如何拿来使用
3感谢分享,已经在其中找到了想用的磷脂,万分感谢
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