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[Amber] 如何分析蛋白质的二级结构

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本帖最后由 alystone 于 2017-4-6 23:44 编辑

非生物专业初做蛋白质,问一些基础的问题,希望见谅。我做了蛋白质变化前后的NewRibbons的图像对比,如下图,是否就能说明蛋白的二级结构由之前的alpha-螺旋转变为beta-折叠。螺旋条带变粗说明了什么。除了分析这个转变,一般分析蛋白的二级结构还需要分析一些哪些方面。谢谢!

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发表于 Post on 2017-4-7 04:40:09 | 只看该作者 Only view this author
NewRibbons并不展现二级结构,它只是展现骨架位置,用NewCartoon才能展现二级结构
如果你分析的是一条轨迹,考察整个轨迹中的二级结构变化,注意二级结构只是对于你选择NewCartoon时的哪一帧结构判断的。如果让每一帧都重新判断一次二级结构,看此幻灯片

其中用到的.tcl文件在此 sscache.tcl (3.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 108)

另外可以通过VMD自带的Timeline插件分析整个轨迹中各个残基所属的二级结构变化。

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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-7 10:21:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 alystone 于 2017-4-7 16:40 编辑
sobereva 发表于 2017-4-7 04:40
NewRibbons并不展现二级结构,它只是展现骨架位置,用NewCartoon才能展现二级结构
如果你分析的是一条轨迹 ...

谢谢sob老师深夜解答,而且如此详细。

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发表于 Post on 2019-7-22 17:01:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-7 04:40
NewRibbons并不展现二级结构,它只是展现骨架位置,用NewCartoon才能展现二级结构
如果你分析的是一条轨迹 ...

老师,已知多肽序列时,请问有什么软件能预测多肽的二级结构呢?谢谢老师
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发表于 Post on 2019-7-23 19:05:15 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2019-7-22 17:01
老师,已知多肽序列时,请问有什么软件能预测多肽的二级结构呢?谢谢老师

这种预测是很不可靠的
下文里有一些相关的工具,可以搜搜
计算化学相关的免费的在线数据库及工具
http://sobereva.com/43
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-16 10:15:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-23 19:05
这种预测是很不可靠的
下文里有一些相关的工具,可以搜搜
计算化学相关的免费的在线数据库及工具

好,谢谢老师
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