求助高聚合分子修饰到蛋白质某个残基进行模拟

YuniJ · 发表于 Post on 2025-8-25 15:55:57

请问各位老师，我现在想把高聚合分子修饰到蛋白质某个残基上，然后使用gromacs进行分子动力学模拟，我应该怎么做？

牧生 · 发表于 Post on 2025-8-25 17:38:37

本帖最后由牧生于 2025-8-25 17:40 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-55201-1-1.html

或许你可以试试这个，按第34楼的操作方式，当做嵌段式的聚合物来处理。

YuniJ · 发表于 Post on 2025-8-31 16:55:35

牧生发表于 2025-8-25 17:38
http://bbs.keinsci.com/thread-55201-1-1.html

或许你可以试试这个，按第34楼的操作方式，当做嵌段式的 ...

谢谢您的回复，我有个问题，我的高聚合物有200-400个单元，我是要截取一个单元然后截取某位残基做修饰吗？然后把这两个单元使用gaussian优化，可是剩余单元我要怎么组合呢？还是重新画剩余单元呢？

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[GROMACS] 求助高聚合分子修饰到蛋白质某个残基进行模拟