LAMMPS模拟聚合物体系neighbor list报错无法解决求助

dodobird1

小白在进行lammps对聚合物体系的模拟的时候，至少对于目前的输入（temp.lmps），无论前面的模拟是怎么样的（还是前面没有模拟），到了Annealing这一步（即所附的anneal.in中的那一步）运行就会出现报错：
Generated 0 of 120 mixed pair_coeff terms from arithmetic mixing rule
Setting up Verlet run ...
  Unit style    : real
  Current step  : 0
  Time step     : 1
ERROR on proc 0: Neighbor list problem on the GPU. Try increasing the value of 'neigh_modify one' or the GPU neighbor list 'binsize'. (src/GPU/fix_gpu.cpp:339)

小白试图增加了neigh_modify下面的one和binsize的大小（见anneal.in），但是都无济于事，anneal还没有开始就会产生这样的报错。还请问各位大佬这可能是什么问题？如何解决？

baoluyao

这种一般是初始结构不好或者力场有问题或者动力学过程太剧烈了，可以先用cpu跑一会，或者优化你的模型

yuzc

github上搜radonpy，这是个基于python的自动工作流，用于产生聚合物的各种性质。
它的流程里，在正式退火前，充分进行了构象搜索，基于self-avoiding random walk。
之后得到的构象进行了21步的循环退火，充分保证relaxation。
你可以参考这个工具中的lammps脚本对你的脚本进行调整，或者直接让radonpy帮你生产数据好了。

https://www.nature.com/articles/s41524-022-00906-4
https://github.com/onecoinbuybus ... n/radonpy/sim/md.py
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ma200345v