对小分子进行构像搜索后再对接与直接利用网站下载的小分子直接对接有何区别？

AxiEJohn · 发表于 Post on 2025-10-14 23:26:37

如题，最近看了社长使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索的帖子，心血来潮随手拿一个小分子花了20小时做构像搜索，将排名前三的构像利用vina分别对同一口袋对接，输出结果都是同一构像。而对比没有经过构像搜索直接进行对接的结果构像，相差不大

请问各位老师有这个必要做构像搜索吗，是否只是徒增工作量了

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-15 11:49:39

除非是柔性很大的分子让对接软件搜不到有兴趣的构像，不然对接的软件也算是用它的方法在蛋白搜索小分子构像。

分别大概是优化了小分子键长键角？不过这直接先优化就好，不必作构像搜索。

AxiEJohn · 发表于 Post on 2025-10-15 19:07:45

student0618 发表于 2025-10-15 11:49
除非是柔性很大的分子让对接软件搜不到有兴趣的构像，不然对接的软件也算是用它的方法在蛋白搜索小分子构像 ...

是的，明白了，谢谢老师花时间点评

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-15 21:24:58

蛋白质的口袋对柔性分子的构象有显著影响，molclus做构象搜索是对孤立体系而言的，本身和分子对接得到的构象就没有可比性，搜索出来的能量最低构象和打分最高的对接后的构象恰好基本相同那往往也是巧合。

这么小分子花20小时才做完构象搜索意味着要么计算资源极为贫乏，要么流程不当。恰当使用的话，有个像样的双路服务器顶多1个小时就能得到足够准确的能量最低构象（包括半经验初筛+DFT优化和振动分析+高精度单点全流程）

AxiEJohn · 发表于 Post on 2025-10-15 21:40:20

sobereva 发表于 2025-10-15 21:24
蛋白质的口袋对柔性分子的构象有显著影响，molclus做构象搜索是对孤立体系而言的，本身和分子对接得到的构 ...

明白了，谢谢社长抽空答复。

确实是计算资源太匮乏导致算了20个小时，不过跟着社长的帖子又学到新技能

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