采用IGM分析弱相互作用后，在VMD中输出分子间相互作用，发现存在类似分子内作用

zheng1994517 · 发表于 Post on 2025-10-25 12:57:09

如题所示，我在采用IGM分析C3H8和周围水分子的弱相互作用后（采用Multiwfn），在VMD中输出分子间相互作用，发现存在类似分子内作用。正常而言，分子间相互作用应该只有绿色部分，而不应该在C3H8分子上也存在等值面（换成C4H9N也是一样的）。请问下这是什么情况导致的呢？（xyz文件的来源是从GROMACS模拟中抽出了某一帧，然后通过VMD选择语句选择周围的水分子，导出成xyz文件）
ps：（附上我在Multiwfn的2个分子片段选择命令以及所用的xyz文件）：片段1的原子序号：1-141 片段2的原子序号：142-152
采用IGM分析是因为我没有波函数文件。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-10-25 14:00:42

从VMD导出结构应当用选择语句排除四点水的虚拟位点MW、保留完整所有水分子（而不在边缘留一堆氢原子和羟基），这样multiwfn读取结构、构建准分子密度做IGM分析才合适。

zheng1994517 · 发表于 Post on 2025-10-25 22:16:13

谢谢您的指导我后面也这样做了但还是外相互作用时会显示C3H8上面的等值面

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-26 04:51:02

强烈不建议用IGM，等值面很丑
我在Structure and Bonding. Springer, Berlin, Heidelberg. DOI: 10.1007/430_2025_95中提出的mIGM是好得多的选择，耗时跟IGM一样，看最新版Multiwfn手册3.23.10节的介绍和4.20.12节的例子

仔细检查Multiwfn里输入的原子序号（记得VMD里index从0而非从1开始），并且确认Multiwfn正确识别了所有元素（看载入文件后Multiwfn在窗口中明确显示的化学组成）

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[GROMACS] 采用IGM分析弱相互作用后，在VMD中输出分子间相互作用，发现存在类似分子内作用

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