老师，为什么做NVT总是报LINCS WARNING？

2329568177 · 发表于 Post on 2026-5-30 00:15:23

老师，我的结构用ORCA做过几何优化了，也做好了非标准氨基酸残基力场文件，做NVT总是出现这种情况：
我查了一下有问题的原子是MET以及其中一个非标准氨基酸残基。
我想请教老师，这是我的结构有问题吗，还是力场文件有问题？我试了一下，删除这个impropers运行了几分钟就没事了。

sobereva · 发表于 Post on 2026-5-30 01:24:56

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

如果真空中模拟单个分子都有问题，几乎一定是拓扑文件的问题

KazusaT · 发表于 Post on 2026-5-30 01:27:31

感觉是不太对，有两行
CA H N -C
CA O C -N
这个CA上连接了6个原子明显不对吧

2329568177 · 发表于 Post on 2026-5-30 19:15:28

sobereva 发表于 2026-5-30 01:24
参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

如果真空中模拟单个分子都有问题，几乎一定是拓扑文件的问题

老师，我找到原因了，应该是我做的非标准氨基酸残基力场文件有问题，MET-ORN，我做的ORN力场文件，可能是impropers有问题，所以MET上的的C原子总是报错。我换了之前用ambertools做的ORN.rtp去试了一下，做NVT和NPT都没事。下面是我做的两个rtp文件，能不能请老师帮我看下问题：我看他俩的impropers不太一样，但是我用相同的方法做的另外几个非标准氨基酸残基没问题，只有这个ORN有问题。
rtp1(用orca做了几何优化和单点计算，用multiwfn拟合电荷，sobtop做的rtp文件）

rtp2（画完残基直接用ambertools做的）

nvt.mdp

pdb

ren.mol2 (3.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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