求助oniom复现文献中客体在不同主体中的重组能，提交任务时候总是报错

tangmeng · 发表于 Post on 3 day ago

各位老师，想求助一下，我这个报错的原因是什么，我的主要目的是想参考复现这篇文章Adv. Mater. 2024, 2407916，Nature Communications| (2024) 15:3660，中的qmmm计算方法，优化客体分子，计算客体在不用主体中的重组能
目前的具体操作步骤是
1、用mecury提取了主体4×4×4的晶胞，作为mm(L层)
2、客体晶体复制到主体晶胞中，替换其中一个主体分子，作为qm计算（H层）
3、冻结L层，做结构优化，
但在提交任务时候总是报错，不清楚是那个环节的问题，求教一下

dodobird1 · 发表于 Post on 3 day ago

发帖时务必注意恰当填写标题！！！
否则大家不知道谁能回答、也不愿意回答
http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 前天 04:56

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “oniom求助” 改了，以后务必注意！

sobereva · 发表于 Post on 前天 05:00

你写了geom=connectivity，输入文件末尾却没连接关系。基本Gaussian使用常识的问题

还有极为糟糕、使得你的计算毫无意义的地方在于你居然把低层原子全都冻结了，根本没法随着高层分子结构的改变而自发弛豫。

另外一个老生常谈的问题，oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge这种省事的计算方式完全不足以合理表现低层原子对高层原子的静电作用，下文明确说了原子电荷的事
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）

用诸如QEq、NPA、AIM等对静电势重现性极差的原子电荷当背景电荷表现环境分子产生的静电作用是完全不能接受的

tangmeng · 发表于 Post on 前天 11:05

sobereva 发表于 2026-6-8 05:00
你写了geom=connectivity，输入文件末尾却没连接关系。基本Gaussian使用常识的问题

还有极为糟糕、使得 ...

谢谢sobereva老师的回复，geom=connectivity的错误我理解了，现在我的目的是想参考这篇文章，做优化后再做激发态的计算，由于文章中没有给出详细的计算细节，害怕计算量太大，我就直接将L层冻结了，现在看帖子后了解了http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html），但是确实没有基础，没完全看明白，想和老师请教一下，参考这两篇文章的计算否合理（Adv. Mater. 2024, 2407916，Nature Communications| (2024) 15:3660），我如何重复出来呢

sobereva · 发表于 Post on 前天 11:15

tangmeng 发表于 2026-6-8 11:05
谢谢sobereva老师的回复，geom=connectivity的错误我理解了，现在我的目的是想参考这篇文章，做优化后再 ...

按博文说的方式得到各个原子的原子电荷，在gjf里赋予各个原子上
并且挨着高层分子的周围的低层分子不能冻结

如果还不明白，非常建议把北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）学学，尤其是里面的高斯做分子力场计算、ONIOM计算部分

tangmeng · 发表于 Post on 前天 14:03

sobereva 发表于 2026-6-8 11:15
按博文说的方式得到各个原子的原子电荷，在gjf里赋予各个原子上
并且挨着高层分子的周围的低层分子不能 ...

好的，谢谢老师，我再学习一下

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