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[综合讨论] 请教,单个分子的应力应变曲线的怎么计算?

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如截图1中所说,固定降低N-N间的距离,沿轴向进行压缩得到分子的应力应变曲线?不知道这个是怎么实现的,用什么软件?


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发表于 Post on 2017-8-25 03:08:39 | 只看该作者 Only view this author
看描述无非是柔性扫描罢了。Gaussian里就能做,关键词opt=modredundant,按手册格式在相应段落声明扫描的坐标和参数。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-25 22:07:24 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-8-25 03:08
看描述无非是柔性扫描罢了。Gaussian里就能做,关键词opt=modredundant,按手册格式在相应段落声明扫描的坐 ...

您好,按照您说的我查一下(没怎么用过Gaussian),用Gaussian进行柔性扫描输入文件如下,这样是否是实现了文献中说的,逐步固定减小N-N之间的距离,不知道这样对不对?
如果可行的话,能得到文献中说的能量应变关系吗?在哪里看?谢谢

%chk=3D Atomistic.chk
%mem=20GB
%nprocshared=20
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d) nosymm

BBDC

0 1
O                 25.24460000   55.27690000   24.84810000
O                 25.17890000   53.08670000   24.27670000
*
*   坐标
*
*
H                 44.19110000   63.23790000   22.52350000
H                 37.22730000   68.92100000   22.71910000

X 31 S 20 0.200000



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发表于 Post on 2017-8-26 03:04:18 | 只看该作者 Only view this author
WZH1233 发表于 2017-8-25 22:07
您好,按照您说的我查一下(没怎么用过Gaussian),用Gaussian进行柔性扫描输入文件如下,这样是否是实现 ...


弥散是多余的。
柔性扫描设定不对,应当设那两个N原子的序号,而不是X 31。而且这明显不是减小距离,而是增加距离
柔性扫描的每一步相当于做一次限制性优化,通过每次限制性优化最后那一步输出的原子受力信息,可以考察相应距离下的应力。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-26 10:49:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 WZH1233 于 2017-8-26 11:02 编辑
sobereva 发表于 2017-8-26 03:04
弥散是多余的。
柔性扫描设定不对,应当设那两个N原子的序号,而不是X 31。而且这明显不是减小距离, ...

sob老师,按照你说的设定两个N原子的编号,我用gv设的柔性扫描,坐标后面加上  B 5 31 S 20 0.200000  ,这样对吗?我看手册上B是指键长,而我的是N-N间的距离,这样是否可行?

另外怎么减小5和31两个N原子间的距离?改成 这样 B 5 31 -= S 20 0.200000对吗?

还有柔性扫描之前是不是要先进行结构优化,然后作为柔性扫描的初始结构?


看的下面手册的内容,还是一些地方不太明白


%chk=3DAtomistic.chk
%mem=20GB
%nprocshared=20
# opt=modredundant b3lyp/6-31g nosymm

Title Card Required

0 1
O                 25.08116000   55.57736600   24.14316700
坐标
H                 32.86269972   62.09363135   21.70330038

B 5 31 S 20 0.200000




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发表于 Post on 2017-8-26 17:30:00 | 只看该作者 Only view this author
WZH1233 发表于 2017-8-26 10:49
sob老师,按照你说的设定两个N原子的编号,我用gv设的柔性扫描,坐标后面加上  B 5 31 S 20 0.200000  , ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-26 21:28:35 | 只看该作者 Only view this author

弱弱问一下怎么,在当前结构下,进行减小距离或角度的扫描

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发表于 Post on 2017-8-26 21:54:10 | 只看该作者 Only view this author
WZH1233 发表于 2017-8-26 21:28
弱弱问一下怎么,在当前结构下,进行减小距离或角度的扫描

扫描步长改成负数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-26 22:15:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-26 21:54
扫描步长改成负数

谢谢社长
我对一个线性分子如图,想对他进行图中变化的扫描,冗余坐标为(两个N原子和一个中心位置的C) 5 25 31 S 20 -3.000000
提示    User requested angle      5     25     31 is too close to linear.               Error in added angle.

难道180°的分子不能实现角度的柔性扫描?


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发表于 Post on 2017-8-27 05:14:06 | 只看该作者 Only view this author
WZH1233 发表于 2017-8-26 22:15
谢谢社长
我对一个线性分子如图,想对他进行图中变化的扫描,冗余坐标为(两个N原子和一个中 ...

在初始结构里,把5-25-31稍微掰弯一丁点,比如1度,然后再试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-29 10:31:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-27 05:14
在初始结构里,把5-25-31稍微掰弯一丁点,比如1度,然后再试试

谢sob老师,稍微掰弯可以进行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 19:42:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-27 05:14
在初始结构里,把5-25-31稍微掰弯一丁点,比如1度,然后再试试

接着上面的问题请教,输入文件# opt=modredundant b3lyp/6-31g geom=connectivity

5 31 S 20 -0.200000

结果文件如下图,,想问一下Scan of RMS Gradient Norm这个图代表什么,是反映的原子受力信息吗?图中那个突然下降的点,是否可以看成随着距离的下降,分子结构的一个突变(比如宏观一些材料的屈服点)?想详细了解一下这个图的相关信息,在哪里看或者有什么参考吗?谢谢sob老师!


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发表于 Post on 2017-9-20 23:32:10 | 只看该作者 Only view this author
WZH1233 发表于 2017-9-20 19:42
接着上面的问题请教,输入文件# opt=modredundant b3lyp/6-31g geom=connectivity

5 31 S 20 -0.20000 ...

对那个点没必要过度解释
就是指平均受力。结构有无突变看轨迹便知
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发表于 Post on 2022-5-11 00:16:56 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下,柔性扫描的体系能量和应力是怎么换算的?是使用W=F*s换算的么?W是总能量,F是应力,s是位移。

本版积分规则 Credits rule

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