求助VMD中dcd文件转化为amber中mdcrd文件

风在吹 · 发表于 Post on 2017-9-4 10:12:03

大家好，我现在在用金团簇和硒蛋白结合然后计算他们之前的吉布斯自由能，用的是MMPBSA，但是在过程中发现Se在APS.dat文件缺少参数，通过查资料可以借用S的参数。但是Au的参数也没有，这个就不知道怎么借用了。以及我有NAMD跑好的dcd文件，应怎样将dcd文件转化为mdcrd文件，我看资料更多的是将mdcrd转化为dcd。谢谢大家。

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-4 11:07:06

VMD里选择保存轨迹就能存成mdcrd格式
除非在搜到的文献中发现有用MMPBSA计算涉及金团簇的结合自由能，否则还是别指望了，就算勉强算出来，到时候审稿人如果问，也难以证明结果合理性。可以恰当截取模型，取一些帧，用量化算来算结合自由能。

风在吹 · 发表于 Post on 2017-9-4 16:27:40

sobereva 发表于 2017-9-4 11:07
VMD里选择保存轨迹就能存成mdcrd格式
除非在搜到的文献中发现有用MMPBSA计算涉及金团簇的结合自由能，否则 ...

好的，我找找文献。多谢高人指点。

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-4 17:12:56

NAMD直接就可以跑MMPBSA，用iapbs就行
CHARMM也有Au的参数

风在吹 · 发表于 Post on 2017-9-5 11:11:38

fhh2626 发表于 2017-9-4 17:12
NAMD直接就可以跑MMPBSA，用iapbs就行
CHARMM也有Au的参数

请问这个具体的过程或者哪有教程，我在ug里面没找到。多谢

风在吹 · 发表于 Post on 2017-9-5 11:19:16

sobereva 发表于 2017-9-4 11:07
VMD里选择保存轨迹就能存成mdcrd格式
除非在搜到的文献中发现有用MMPBSA计算涉及金团簇的结合自由能，否则 ...

并没有找到相关文献，好失望

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-5 19:08:31

风在吹发表于 2017-9-5 11:11
请问这个具体的过程或者哪有教程，我在ug里面没找到。多谢

谷歌iapbs

风在吹 · 发表于 Post on 2017-9-6 16:57:24

fhh2626 发表于 2017-9-5 19:08
谷歌iapbs

你好，我就找到了这一篇说明的，http://mccammon.ucsd.edu/iapbs/d ... _energy_calculation
但是感觉不够详细。请问有没有详细的资料，不胜感激。

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-6 23:19:43

风在吹发表于 2017-9-6 16:57
你好，我就找到了这一篇说明的，http://mccammon.ucsd.edu/iapbs/doc/namd.html#_solvation_energy_calcu ...

就是这篇官方说明，里面从安装到配置都有了，你有哪一步不明白吗？

风在吹 · 发表于 Post on 2017-9-8 09:36:45

fhh2626 发表于 2017-9-6 23:19
就是这篇官方说明，里面从安装到配置都有了，你有哪一步不明白吗？

就是怎么计算，怎么开始的，有点懵

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-8 09:47:16

风在吹发表于 2017-9-8 09:36
就是怎么计算，怎么开始的，有点懵

安装就按照他给的那个步骤，什么都不用改（NAMD版本可以用最新的），然后就能编译好NAMD-iAPBS了

计算的话本质就是一个pair interaction，你如果跑过pair interaction的话很快就能上手，在一般的作业里面加上下面这一段就行

apbsForces    on
apbsPQRFile    dipeptide.pqr
apbsForcesConfig {
  calc_type 0 # mg-manual
  grid 0.5 0.5 0.5
  recalculateGrid on
  srfm 2
  chgm 1
  bcfl 1
  debug 1
  verbose 5
  pdie 2.0000
  sdie 78.5400
  sdens 10.00
  srad 1.40
  swin 0.30
  temp 298.15
  gamma 0.105
  sp_apbs off
  wpot off
}

最后会在pair interaction的结果里面输出一个PB和SA的能量

风在吹 · 发表于 Post on 2017-9-11 09:41:58

fhh2626 发表于 2017-9-8 09:47
安装就按照他给的那个步骤，什么都不用改（NAMD版本可以用最新的），然后就能编译好NAMD-iAPBS了

计算 ...

好的，多谢。我还没弄过pair interaction，我先去研究下。多谢多谢。

风在吹 · 发表于 Post on 2017-9-12 10:29:03

fhh2626 发表于 2017-9-8 09:47
安装就按照他给的那个步骤，什么都不用改（NAMD版本可以用最新的），然后就能编译好NAMD-iAPBS了

计算 ...

您好，请问APBS有没有linux版本没有编译的源代码，我一直没找到。多谢。

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-13 11:12:51

风在吹发表于 2017-9-12 10:29
您好，请问APBS有没有linux版本没有编译的源代码，我一直没找到。多谢。

教程里面就有啊
https://github.com/Electrostatics/apbs-pdb2pqr

XiaoYan · 发表于 Post on 2021-1-27 10:16:50

本帖最后由 XiaoYan 于 2021-1-27 10:19 编辑

sobereva 发表于 2017-9-4 11:07
VMD里选择保存轨迹就能存成mdcrd格式
除非在搜到的文献中发现有用MMPBSA计算涉及金团簇的结合自由能，否则 ...

sob老师，您好，我按照您的回复，使用vmd软件选择保存dcd轨迹另存为mdcrd格式，但是我发现另存的轨迹格式并没有mdcrd选项，这是为什么呢？是vmd版本太低了吗？已找到解决方法，crd格式即为mdcrd格式。

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[Amber] 求助VMD中dcd文件转化为amber中mdcrd文件

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