反应物为自旋极化单重态时过渡态该怎么设置

珊珊来迟 · 发表于 Post on 2017-10-28 09:50:19

找如下图中氢转移反应的过渡态

反应物用guess=mix找到了自旋极化单重态，产物为闭壳层，请问在找过渡态的时候，应将过渡态设置为开壳层单重态还是闭壳层单重态呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-28 12:29:41

当成开壳层单重态来算，如果本应为闭壳层，则结果自动就和闭壳层一样

珊珊来迟 · 发表于 Post on 2017-10-30 19:52:51

sobereva 发表于 2017-10-28 12:29
当成开壳层单重态来算，如果本应为闭壳层，则结果自动就和闭壳层一样

sob老师，我用片段划分的方法找到了开壳层单重态下的TS结构

然后我用以下两种方法在更高水平下计算TS的单点能：
1.直接用guess=read读取TS结构的chk文件,计算单点能。但此时计算单点能的结果显示各原子的自旋布局及最后的s**2都变为了0

2.用guess=(mix,always)计算TS结构的单点能。结果如下图：

找到了自旋极化单重态，但原子的自旋布居与优化过渡态时不一样。
请问老师，我想在更高水平计算此开壳层单重态TS的单点能，应该用哪种方法呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-31 00:10:07

珊珊来迟发表于 2017-10-30 19:52
sob老师，我用片段划分的方法找到了开壳层单重态下的TS结构

不同计算级别自旋布居肯定不同，尤其是Mulliken布居受基组影响大
guess(mix,always)时候是对的

珊珊来迟 · 发表于 Post on 2017-11-1 14:08:35

sobereva 发表于 2017-10-31 00:10
不同计算级别自旋布居肯定不同，尤其是Mulliken布居受基组影响大
guess(mix,always)时候是对的

Sob老师您好，对于反应物IM5，我拉长O-O键找过渡态，得到了一个TS结构，但我如何确定TS对应product方向的产物是IM6，还是IM6'呢？
我做了IRC，结果向着产物方向，N-O间距离逐渐靠近，最后一个结构N-O键长达到1.51埃。是否说明产物对应的是IM6？
如果这样的话，那我想找IM5和IM6'之间的过渡态该怎么做呢？
期待您的回复！

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-3 16:44:26

珊珊来迟发表于 2017-11-1 14:08
Sob老师您好，对于反应物IM5，我拉长O-O键找过渡态，得到了一个TS结构，但我如何确定TS对应product方 ...

绘制自旋密度图进行判断

珊珊来迟 · 发表于 Post on 2017-11-5 10:51:16

sobereva 发表于 2017-11-3 16:44
绘制自旋密度图进行判断

老师，我用multiwfn和gv分别绘制了自旋密度图，为什么从multiwfn结果来看，单电子就分布在离去的-OMe基团上的38号O原子上，而用gv来看，除了分布在离去的-OMe基团上，还分布在23号N和37号氧上？

珊珊来迟 · 发表于 Post on 2017-11-5 15:43:14

sobereva 发表于 2017-11-3 16:44
绘制自旋密度图进行判断

老师，另外这是我取IRC_p的最后一个结构做单点计算得到的各原子的自旋布居，请问老师-OMe基团离去后，剩下的是环氧还是氮氧双自由基呢？
我也用guess=mix的方法找了这一步的过渡态，并也取了IRC_p最后一个结构做单点，自旋布居与上述普通DFT得到的结果基本一致。

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-9 15:39:58

珊珊来迟发表于 2017-11-5 10:51
老师，我用multiwfn和gv分别绘制了自旋密度图，为什么从multiwfn结果来看，单电子就分布在离去的-OMe基团 ...

等值面数值设为相同时，两个程序绘制的等值面精确一致

JohnYao · 发表于 Post on 2023-12-2 19:39:20

珊珊来迟发表于 2017-10-30 19:52
sob老师，我用片段划分的方法找到了开壳层单重态下的TS结构

您好，抱歉打搅，请问为什么在对已经优化完了的结构使用高精度基组计算单点能时，关键词guess(MIX)与guess(MIX,always)会表现出差异。抱歉打搅，期待老师解答

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-12-2 19:59:49

本帖最后由 zjxitcc 于 2023-12-2 20:09 编辑

JohnYao 发表于 2023-12-2 19:39
您好，抱歉打搅，请问为什么在对已经优化完了的结构使用高精度基组计算单点能时，关键词guess(MIX)与gues ...

always是在结构优化、势能面扫描等任务中起作用；只算单点的话always是无效关键词，所以在单点任务中guess(mix)与guess(mix,always)是一模一样的效果。另外要提醒的是，mix是给开壳层单重态用的，如果你算的不是单重态，请不要使用。

如果你两个任务最终结果不一样，有一种可能是你算的是开壳层过渡金属体系，存在多个SCF解，起初微小的数值差异可能导致收敛到不同的结果，这种情况与always是无关的，与体系复杂性有关，不管写没写always都会出现类似情况。如果你自己无法判断是不是这种情况，就要提供更多信息，方便大家判断。

JohnYao · 发表于 Post on 2023-12-2 20:17:26

zjxitcc 发表于 2023-12-2 19:59
always是在结构优化、势能面扫描等任务中起作用；只算单点的话always是无效关键词，所以在单点任务中gues ...

感谢老师的耐心解答🙏🙏🙏是我眼瓢了，看错了作者第一个任务的关键词（下意识以为是guess(mix)了），抱歉因为我的疏忽给你添麻烦了🙇🙇

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[Gaussian/gview] 反应物为自旋极化单重态时过渡态该怎么设置