初用Gamess求助

echa · 发表于 Post on 2019-3-18 21:16:07

请问我在结构优化时出现gradient out of range 该怎么调节input文件呢。我发现gamess 的结构优化好麻烦哦

echa · 发表于 Post on 2019-3-18 21:16:42

我的最大的grad. Max=10.45

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-19 00:01:37

echa 发表于 2019-3-18 21:16
请问我在结构优化时出现gradient out of range 该怎么调节input文件呢。我发现gamess 的结构优化好麻烦哦

就是麻烦。如果没有必要非得用GAMESS-US里的理论方法优化，改用Gaussian或者ORCA

不要在与当前你问的问题无关的帖子里跟帖提问，否则影响论坛信息的秩序。

haopengyou · 发表于 Post on 2021-5-26 18:44:06

chenzhiyong 发表于 2017-11-3 17:29
您好，我的分子轨道总数是645个，multiwfn给出的$vec是从1开始，逢100就又从0开始，不知道这对读取Gaussi ...

您好，请问轨道读取报错这个问题您最后是怎么解决的呢？在Gaussian计算过程加入关键词6D 10F 和nosymm后也出现了轨道读取报错的问题，谢谢！

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-5-26 18:46:45

haopengyou 发表于 2021-5-26 18:44
您好，请问轨道读取报错这个问题您最后是怎么解决的呢？在Gaussian计算过程加入关键词6D 10F 和nosymm后 ...

fch2inp小程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）完美解决这个问题

haopengyou · 发表于 Post on 2021-5-26 18:51:22

zjxitcc 发表于 2021-5-26 18:46
fch2inp小程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）完美解决这个问题

非常感谢，我尝试一下

haopengyou · 发表于 Post on 2021-5-26 20:39:09

zjxitcc 发表于 2021-5-26 18:46
fch2inp小程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）完美解决这个问题

谢谢您的回复，使用了fch2inp程序转换得到inp文件进行计算后出现了以下报错，这该怎么解决呢？谢谢！ STATISTICS FOR GENERATION OF SYMMETRY ORBITAL -Q- MATRIX
NUMBER OF CARTESIAN ATOMIC ORBITALS=       232
NUMBER OF SPHERICAL CONTAMINANTS DROPPED= 26
NUMBER OF LINEARLY DEPENDENT MOS DROPPED=    0
TOTAL NUMBER OF MOS IN VARIATION SPACE=    206
*** ERROR: PREMATURE END OF ORBITAL INPUT ENCOUNTERED
  (READMO)  LOOKING FOR ORBITAL 1 LINE 1
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT 20:23:57 26-MAY-2021
               5504632  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-5-26 20:41:32

haopengyou 发表于 2021-5-26 20:39
谢谢您的回复，使用了fch2inp程序转换得到inp文件进行计算后出现了以下报错，这该怎么解决呢？谢谢！ STA ...

首先有一点要注意的：gjf文件里要么写5D 7F，要么写6D 10F。
其次建议你把高斯gjf文件和GAMESS文件贴出，我也不知道你是否对inp文件进行了一些不合理的修改。

haopengyou · 发表于 Post on 2021-5-26 20:49:20

zjxitcc 发表于 2021-5-26 20:41
首先有一点要注意的：gjf文件里要么写5D 7F，要么写6D 10F。
其次建议你把高斯gjf文件和GAMESS文件贴出 ...

谢谢您的提醒，这是高斯和GAMESS的输入文件，请您看看有什么问题

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-5-26 21:05:10

haopengyou 发表于 2021-5-26 20:49
谢谢您的提醒，这是高斯和GAMESS的输入文件，请您看看有什么问题

你修改了一些不该修改的地方，例如ispher=1表示用球谐函数，但是你却在高斯里写了6D 10F。fch2inp支持球谐型（5D 7F）或笛卡尔型（6D 10F），但是你不能混用，不能高斯里用笛卡尔型，却在GAMESS里想用球谐型。只能选择一种。

PS：我注意到你想做LMO-EDA，官方GAMESS做LMO-EDA是不支持读入轨道的，即使输入文件写对了，后续计算也会报错，你只能在GAMESS里用它自己的SCF算，而这经常会有SCF不收敛的问题。现在比较好的替代方案是用苏培峰老师的修改版GAMESS 做GKS-EDA，它支持读入轨道，例子见MOKIT手册里5.3.3章节。

haopengyou · 发表于 Post on 2021-5-26 21:10:51

zjxitcc 发表于 2021-5-26 21:05
你修改了一些不该修改的地方，例如ispher=1表示用球谐函数，但是你却在高斯里写了6D 10F。fch2inp支持球 ...

非常感谢您，刚刚接触GAMESS，有很多不懂的地方，这就去看手册，谢谢您的解答

HZW · 发表于 Post on 2021-5-26 22:02:07

zjxitcc 发表于 2021-5-26 20:41
首先有一点要注意的：gjf文件里要么写5D 7F，要么写6D 10F。
其次建议你把高斯gjf文件和GAMESS文件贴出 ...

您好老师，我刚入门GAMESS，我的任务在服务器上直接使用命令可以提交，但是我用PBS提交作业就运行不了：排队然后挂掉，能帮我看下错在哪里吗？：

#!/bin/bash
#PBS -N GMS
#PBS -q phys48
#PBS -l nodes=node7
#PBS -l pmem=1500mb
#PBS -j oe

# mkdir ~/scr
cd $PBS_O_WORKDIR

module load gamess
./rungms /share/home/LuoDi/hzw/ZJH/gamess/1L2Y.inp 00 > & 1L2Y.log &

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-5-26 22:22:34

HZW 发表于 2021-5-26 22:02
您好老师，我刚入门GAMESS，我的任务在服务器上直接使用命令可以提交，但是我用PBS提交作业就运行不了： ...

这是看不出问题的，神仙也猜不出来。你起码得给出1L2Y.log末尾报错信息，PBS报错信息，inp文件里的关键词。

HZW · 发表于 Post on 2021-5-28 09:51:37

zjxitcc 发表于 2021-5-26 22:22
这是看不出问题的，神仙也猜不出来。你起码得给出1L2Y.log末尾报错信息，PBS报错信息，inp文件里的关键词 ...

有个网名叫剑宗学徒的热心大佬已经帮我远程操控解决了，还是谢谢您的回复

猫头鹰 · 发表于 Post on 2024-5-6 17:53:11

HZW 发表于 2021-5-28 09:51
有个网名叫剑宗学徒的热心大佬已经帮我远程操控解决了，还是谢谢您的回复

您好，可以分享一下PBS交gamess作业的脚本吗？

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