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[科研杂谈] 各位来谈谈,计算化学10年前与10年后有哪些不同?

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楼主
10年前是2005年之前,我个人对MD较为熟悉,我先抛砖引玉了。
十年之前,同源模建的文章铺天盖地,10年之后,不说销声匿迹吧也只能混迹于低档次文章了。
十年之前,MD能做到5ns,10ns就已经是一流的研究组了。10年之后,不跑个100ns你都不好意思跟人说话。
十年之前,MD只能解决一个小蛋白与配体的结合方面的问题,10年之后,MD已经能将一小段无规卷曲的肽链折叠成晶体结构的构型了。
十年之前,能跑个常规MD就不错了,十年之后,QM/MM/MD,REMD,AMD,SMD等等都是铺天盖地,采样方面的研究很多。
暂时只想到这些。各位有什么见解?

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发表于 Post on 2015-3-18 18:51:47 | 只看该作者 Only view this author
十年之前,普遍认为DFT算电荷转移激发、弱相互作用一塌糊涂,十年之后反倒成了研究这些问题的标准方法。
十年前GPU加速在MD上还是小众向的实验性技术,十年已经全面普及,更是穷人跑MD必备。
十年前做计算的PC标配单核、256/512MB、160G,十年后标配四核、8/16GB、2TB+120/240G固态。

不过一切发展都在减缓,瓶颈愈发明显,没法期望下个十年各方面的进步能像2005~2015期间变化这么巨大了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2015-3-20 14:06:20 | 只看该作者 Only view this author
说的我的心哇凉哇凉的...我的设计看来都得向100ns进发了.....
是时代进步的太快..还是我看的参考文献太早..
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta

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发表于 Post on 2015-3-20 18:43:12 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2015-3-20 14:06
说的我的心哇凉哇凉的...我的设计看来都得向100ns进发了.....
是时代进步的太快..还是我看的参考文献太早. ...

6年前,还流行跑10ns。现在对于一般体系不跑个50ns就可能遭吐槽。有时候审稿人还让多跑几遍进行验证。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-4-17 00:47:52 | 只看该作者 Only view this author
挖坟,又一个十年了,大家觉得这十年又有什么变化呢?

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发表于 Post on 2025-4-17 09:14:51 | 只看该作者 Only view this author
好一记洛阳铲,现在MD平均模拟时长已经奔着1000ns去了
CPU,固态和显卡这些硬件还是有很明显的进步的

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发表于 Post on 2025-4-17 11:19:34 | 只看该作者 Only view this author
现在是ML-MD、AIMD的时代

后面估计应该是NAMD,但计算量实在是太过凶残,理论也需要进一步完善。

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发表于 Post on 2025-4-17 23:35:41 | 只看该作者 Only view this author
rugals 发表于 2025-4-17 11:19
现在是ML-MD、AIMD的时代

后面估计应该是NAMD,但计算量实在是太过凶残,理论也需要进一步完善。

老师,您好。请问您说的NAMD全称是什么?

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发表于 Post on 2025-4-18 04:41:03 | 只看该作者 Only view this author
不会扣篮的后卫 发表于 2025-4-17 23:35
老师,您好。请问您说的NAMD全称是什么?

non-adiabatic molecular dynamics

借助算力和ML势,NAMD会得到长足发展,但终究只是个相对小众的领域,不会是什么“大势”
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发表于 Post on 2025-4-18 21:16:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-18 04:41
non-adiabatic molecular dynamics

借助算力和ML势,NAMD会得到长足发展,但终究只是个相对小众的领域 ...

谢谢卢老师!

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发表于 Post on 2025-6-16 11:34:24 | 只看该作者 Only view this author
又一个10年,虽然我量化刚刚入门,但是却有兴趣去钻研。

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发表于 Post on 2025-6-16 16:29:29 | 只看该作者 Only view this author
又十年后,AIMD和DPMD出山,能更好地描述分子间相互作用
是了,它已证明是可以信赖的,而且我从来也没有为选择了这条道路而后悔过。
——爱因斯坦

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2025-6-16 16:53:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-6-16 16:58 编辑
xiaowei2022 发表于 2025-6-16 16:29
又十年后,AIMD和DPMD出山,能更好地描述分子间相互作用

AIMD如果只是基于BO近似的BOMD,或者只是用普通DFT做的,那不算什么新东西,哪怕你说个PIMD或者楼上提到的NAMD都可能更新一点。至于DPMD,如果你指的是DeePMD-kit深度学习势这种基于机器学习的方法,其本身并不能用“更好地描述分子间相互作用”来形容,毕竟精度首先就受限于训练集,而且黑箱式的应用也很难说提供多少new insight给相互作用的成分细节。

要我说最期待看到的发展是什么,可能是这么两点:(1)把孤立体系多参考计算的那一套WFT方法推广开来,让强静态相关、自旋磁矩复杂的周期体系也能定量精确描述(大概意思来自  @zjxitcc  老师的这个帖子);(2)把巨正则系综跑恒电势AIMD的那一套方法推广开来,让随便哪个电化学过程的电极表面反应都能合理描述(参考此帖讨论)。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-6-16 16:55:51 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-16 16:53
AIMD如果只是基于BO近似的BOMD,或者只是用普通DFT做的,那不算什么新东西,哪怕你说个PIMD或者楼上提到 ...

受教了
是了,它已证明是可以信赖的,而且我从来也没有为选择了这条道路而后悔过。
——爱因斯坦

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