计算丙氨酸扫描CAS虚拟突变蛋白最后一位氨基酸提示无法突变

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2022-10-4 16:37:33

我分别使用了DS和FoldX进行CAS虚拟突变，这是我用DS做的计算突变能量的截图。
计算突变了蛋白最后一位的氨基酸，提示不能突变，但是我做的MD+MMPBSA结果显示最后这个氨基酸能量挺高的想虚拟突变后做实验突变，这个是说最后一位无法虚拟突变吗，那我实验突变还可以继续做吗？如果写文章怎么写这个位点的CAS结果呢？

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2022-10-11 19:03:43

各位大佬，有没有帮忙回答一下，十分感谢了

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2022-10-11 19:04:23

foldX 做的CAS虚拟突变也是不显示最后一位的突变能量

泽坚 · 发表于 Post on 2023-7-4 22:03:54

请问各位老师，这个问题解决了吗？我在AMBER进行丙氨酸扫描突变时，C端残基突变也会报错。

Serious · 发表于 Post on 2023-7-5 10:34:59

泽坚发表于 2023-7-4 22:03
请问各位老师，这个问题解决了吗？我在AMBER进行丙氨酸扫描突变时，C端残基突变也会报错。

1）是什么残基”突变“成丙氨酸？并不是什么C端、N端的问题。

泽坚 · 发表于 Post on 2023-7-14 16:34:42

Serious 发表于 2023-7-5 10:34
1）是什么残基”突变“成丙氨酸？并不是什么C端、N端的问题。

老师，是最后一位的E→A。

Serious · 发表于 Post on 2023-7-15 00:19:16

泽坚发表于 2023-7-14 16:34
老师，是最后一位的E→A。

1）我建议检查一下拓扑等文件（残基个数是否一致等）；
2）讲述一下建模过程，提供AMBER版本、报错等信息，看看是怎么回事。。

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