一个关于Gamess EDA任务报错的请教

JiaqiZhu

运行一个EDA分析，结果报了错。出错及最后一步运算如下所示。文件再Linux上运行，安装无误，之前也自己提交过一个比较小的EDA任务作为测试，运行无误。
...
...
          --------------------------
               R-M06 SCF CALCULATION
          --------------------------
         DENSITY MATRIX CONVERGENCE THRESHOLD=  1.00E-05
     COARSE -> FINE DFT GRID SWITCH THRESHOLD=  3.00E-04 (SWITCH IN $DFT)
                   HF -> DFT SWITCH THRESHOLD=  5.00E-03 (SWOFF IN $DFT)
DFT IS SWITCHED OFF, PERFORMING PURE SCF UNTIL SWOFF THRESHOLD IS REACHED.


ITER EX DEM     TOTAL ENERGY        E CHANGE  DENSITY CHANGE    DIIS ERROR
   1  0  0     -240.3164877399  -240.3164877399**************   1.005188454
          * * *   INITIATING DIIS PROCEDURE   * * *
   2  1  0     -214.5007602005    25.8157275394**************   0.416356665
   3  2  0     -256.7095152768   -42.2087550763  65.044098957   0.543886859
   4  3  0     -308.1441074976   -51.4345922208   4.654243595   0.536188350
   5  4  0     -320.9623674181   -12.8182599205   3.170214668   0.303534115
36273812  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
CPU     0: STEP CPU TIME=   204.94 TOTAL CPU TIME=       1571.2 (     26.2 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=      13795.7 SECONDS, CPU UTILIZATION IS    11.39%
ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
PRD: NODE   1 ENCOUNTERED UNEXPECTED END OF FILE READING UNIT   8
PRD: NODE   3 ENCOUNTERED UNEXPECTED END OF FILE READING UNIT   8
PRD: NODE   2 ENCOUNTERED UNEXPECTED END OF FILE READING UNIT   8
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).


Linux界面出现这样的报错信息：
calc54 tmp/gamess% cp N4.inp /home/XXX/tmp/scr/tmp/N4.F05
unset echo
/home/XXX/tmp/gamess/ddikick.x /home/XXX/tmp/gamess/gamess.18.x N4 -ddi 1 4 calc54:cpus=4 -scr /home/XXX/tmp/scr/tmp
DDI Process 0: error code 911
ddikick.x: Fatal error detected.
The error is most likely to be in the application, so check for
input errors, disk space, memory needs, application bugs, etc.
ddikick.x will now clean up all processes, and exit...
DDI Process 1: terminated upon request.
DDI Process 3: terminated upon request.
DDI Process 2: terminated upon request.
unset echo
ls: No match.
ls: No match.
ls: No match.


具体输入输出见附件。新手提问，还望不吝赐教，提前谢过各路神仙。

sobereva

去了溶剂模型设定再试
除非是修改版GAMESS-US，否则不支持溶剂下的EDA
这种体系用M06也明显是个很糟糕的选择
也可以试试单核

JiaqiZhu

非常感谢您的建议，正在尝试

JiaqiZhu

sobereva 发表于 2019-2-28 17:19
去了溶剂模型设定再试
除非是修改版GAMESS-US，否则不支持溶剂下的EDA
这种体系用M06也明显是个很糟糕的 ...

尝试了一下还是不行，在最后几行出现了：
CONVERGED TO SWOFF, SO DFT CALCULATION IS NOW SWITCHED ON.
          * * *   INITIATING DIIS PROCEDURE   * * *
   8  7  0     -329.0729303315    -1.9240686992   0.989781596   0.074361510
   9  8  0     -329.1383440946    -0.0654137631   0.266904481   0.007403299
  10  9  0     -329.1377717674     0.0005723272   0.150993710   0.008661327
  11 10  0     -329.1405155949    -0.0027438275   0.042800739   0.001701400
  12 11  0     -329.1406378081    -0.0001222132   0.009000524   0.000203222
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           PRD: NODE   0 ENCOUNTERED UNEXPECTED END OF FILE READING UNIT   8
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Fri Mar  1 13:57:27 2019
            352430961  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
STEP CPU TIME =   118.84 TOTAL CPU TIME =      15281.9 (    254.7 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=      62081.3 SECONDS, CPU UTILIZATION IS    24.62%
ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
这样的信息（已经去了溶剂化的）

btm

JiaqiZhu 发表于 2019-3-1 18:46
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

解决了嘛？能分享一下解决方法嘛

zjxitcc

楼主的体系用frag_guess_wfn自动产生GKS-EDA输入文件可轻松解决。假设计算级别为PBE0/6-311G(d,p) D3(BJ)，隐式溶剂为甲苯，则gjf文件为

1. %mem=200GB
   
2. %nprocshared=48
   
3. #p UPBE1PBE/6-311G(d,p) em=GD3BJ guess(fragment=2) scrf(solvent=toluene)
   
4. 
   
5. {gks}
   
6. 
   
7. 0 1 0 1 0 1
   
8. C(fragment=1)       -0.14138700   -1.09342100    1.02969600 r
   
9. C(fragment=1)        0.17105300   -2.14477000   -1.15295400
   
10. C(fragment=1)       -1.90879000   -0.97810100   -0.70769200
    
11. C(fragment=1)       -0.56126100   -2.50388200    1.51391500
    
12. H(fragment=1)        0.92210600   -0.91261200    1.18164300
    
13. H(fragment=1)       -0.70769400   -0.30600000    1.52579700
    
14. H(fragment=1)        0.18071800   -1.92367300   -2.22222500
    
15. H(fragment=1)        1.19979800   -2.23624000   -0.80376700
    
16. C(fragment=1)       -0.63552600   -3.41673100   -0.80494800
    
17. C(fragment=1)       -2.56255800   -2.13074700    0.08485600
    
18. H(fragment=1)       -2.02242600   -1.08191700   -1.78748400
    
19. H(fragment=1)       -2.32399100   -0.01458800   -0.42880100
    
20. C(fragment=1)       -1.47282700   -3.14904400    0.45741000
    
21. H(fragment=1)        0.32240100   -3.13137600    1.68539500
    
22. H(fragment=1)       -1.08495700   -2.42016400    2.47374700
    
23. H(fragment=1)       -1.29001400   -3.70165400   -1.63833700
    
24. H(fragment=1)        0.05898100   -4.24956200   -0.64421700
    
25. H(fragment=1)       -3.34075400   -2.59626000   -0.53236800
    
26. H(fragment=1)       -3.05213500   -1.75167000    0.99029800
    
27. H(fragment=1)       -1.91494300   -4.07772300    0.83553800
    
28. N(fragment=1)       -0.40776500   -0.91966400   -0.47361800
    
29. C(fragment=2)        0.09803700    0.36653100   -1.21658400
    
30. C(fragment=2)        1.59942000    0.39897000   -1.46738900
    
31. H(fragment=2)        1.77639800    0.93077200   -2.41057400
    
32. H(fragment=2)        2.07617100   -0.57742000   -1.58745300
    
33. C(fragment=2)       -0.05923600    1.70061400   -0.44061600
    
34. H(fragment=2)        0.05390400    2.44920100   -1.23569000
    
35. C(fragment=2)       -1.35882800    2.06093800    0.24461000
    
36. O(fragment=2)       -1.72436800    1.68955700    1.34934400
    
37. O(fragment=2)       -2.10772900    2.90290900   -0.50652300
    
38. C(fragment=2)       -3.35903000    3.32249300    0.06448000
    
39. H(fragment=2)       -3.79668100    4.00194500   -0.66779100
    
40. H(fragment=2)       -4.01439400    2.46220500    0.22939400
    
41. H(fragment=2)       -3.19342500    3.83345000    1.01690200
    
42. C(fragment=2)        1.18041300    1.87012500    0.50087600
    
43. H(fragment=2)        1.35632200    2.92187100    0.76356400
    
44. H(fragment=2)        1.04581500    1.31989400    1.43480500
    
45. C(fragment=2)        2.33974600    1.28836800   -0.32684600
    
46. H(fragment=2)        2.88146200    2.09262700   -0.83840600
    
47. C(fragment=2)        3.34144100    0.45210900    0.42672700
    
48. O(fragment=2)        3.02438400   -0.31054800    1.33798100
    
49. C(fragment=2)        4.78641200    0.53119000   -0.03909800
    
50. H(fragment=2)        5.38117400   -0.25559200    0.43151600
    
51. H(fragment=2)        4.85286300    0.44931600   -1.13178300
    
52. H(fragment=2)        5.20689500    1.50961600    0.23056600
    
53. 
    

复制代码

注意，第二个片段是卡宾，它应该是对称破缺单重态，所以第二个片段和整个复合物应该用UDFT描述。第一个片段是闭壳层的，用UDFT会算出与RDFT一样的结果，但计算时间可能是2倍。不过frag_guess_wfn支持在坐标后面写r，调用RDFT计算节省时间，然后自动扩展为UDFT轨道。提交

1. frag_guess_wfn N4.gjf >N4.out 2>&1 &

复制代码

采用48核并行，耗时不过12 min，便可产生N4.inp文件，内含坐标，基组数据，GKS-EDA关键词（包含泛函、隐式溶剂模型参数等等所有），不用修改，提交给xeda-patch的GAMESS算即可。