求助：金属离子与有机物分子形成的络合物如何计算

fresco604 · 发表于 Post on 2022-3-2 09:47:01

小弟以前计算有机物之间的络合物通常是通过Maestro等软件使用Force Field初筛出配体与受体的低能量构型，然后通过AutoDock等软件将两个有机物进行对接，结果再通过DFT等进行优化。

现在需要计算一些金属离子与有机物的络合物，一时半会摸不到头脑如何计算，Maestro软件好像不能用FF优化含有金属离子的有机物络合物构型吧，Autodock可以拿金属离子与有机物进行对接吗？

小弟还要计算一些三配体络合物，含2个有机分子与一个金属离子，又该如何计算呢，请各位大神赐教，不胜感激！

如氨基苯磺酸与金属Na的双体络合物离子
还有 alpha-环糊精与氨基苯磺酸和金属Na的3体络合物离子

谢谢！

fresco604 · 发表于 Post on 2022-3-2 11:33:59

可不可以再Gauss View里的优化后的有机物离子结构边上直接添加一个金属离子直接DFT计算？还是需要Autodock等力场软件先初步优化？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-2 16:53:31

这根本不是你提到的那些程序干的事，和autodock没有一丝关系

应当根据配体的基本特征（例如涉及这种配体的配合物里一般是什么原子形成配位键，自行去google）判断你的配体-金属配位状态应该是什么样，在GaussView里画出来大致合理的结构，然后用Gaussian或ORCA等量子化学程序去优化结构。
如果不好判断初始结构应该是什么样，可以凭感觉多摆一些初猜，分别优化。也可以用genmer+molclus做构型搜索，找能量最低的结构，看
molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

fresco604 · 发表于 Post on 2022-3-2 17:27:18

sobereva 发表于 2022-3-2 16:53
这根本不是你提到的那些程序干的事，和autodock没有一丝关系

应当根据配体的基本特征（例如涉及这种配体 ...

谢谢大神回复，我也感觉到这个金属配合物结构优化好像和Autodock ,Maestro等力场软件关系不大。

我感觉也是“在GaussView里画出来大致合理的结构，然后用Gaussian优化”，但是试了几次，总是不收敛失败

看来得学习下molcus和genmer这些软件

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-2 18:47:51

fresco604 发表于 2022-3-2 10:27
谢谢大神回复，我也感觉到这个金属配合物结构优化好像和Autodock ,Maestro等力场软件关系不大。

我感 ...

先解决收敛问题再考虑别的。如果画的结构确实合理，但是不收敛，那么你用molclus、genmer的时候也会遇到这些问题，因为它们也是调用高斯做计算的。确保高斯优化你的体系能收敛了再用molclus、genmer

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-2 20:28:50

fresco604 发表于 2022-3-2 17:27
谢谢大神回复，我也感觉到这个金属配合物结构优化好像和Autodock ,Maestro等力场软件关系不大。

我感 ...

先确保初始结构没有硬伤，电荷和自旋多重度合理，再按下文解决
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

或者先用xtb做预优化，让结构大致有化学意义了，再用量化程序做DFT优化，会容易收敛得多，上文说了。

fresco604 · 发表于 Post on 2022-3-3 16:21:12

wzkchem5 发表于 2022-3-2 18:47
先解决收敛问题再考虑别的。如果画的结构确实合理，但是不收敛，那么你用molclus、genmer的时候也会遇到 ...

好的，谢谢！

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