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[Amber] amber中分析两个组分之间interaction的问题

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楼主
各位大神,
     有谁知道amber中分析两个片段之间的interaction的energy,比如A和B的vdw和静电相互作用,随着时间的演化。
     谢谢大家!

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发表于 Post on 2018-9-5 09:05:14 | 只看该作者 Only view this author
感觉 就是看文献 如何分析pro 和ligand 之间的interaction  才是比较好的
Shanghai JiaoTong University
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发表于 Post on 2018-9-5 09:08:54 | 只看该作者 Only view this author
如果是不同分子,可以用mmpbsa

如果改用gromacs,直接定义能量组皆可,非常方便
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-9-9 16:52:01 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,不同分子无法使用mmpbsa吗?

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发表于 Post on 2018-9-10 04:18:46 | 只看该作者 Only view this author
lonemen 发表于 2018-9-9 16:52
请问sob老师,不同分子无法使用mmpbsa吗?

可以用啊
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发表于 Post on 2018-9-11 09:41:07 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师解答!

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