弱相互作用的批量分析求助

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-9-21 14:49:55

本帖最后由让你变成回忆于 2018-9-21 15:03 编辑

我通过动力学模拟得到了许多包含多个分子的cluster，现在想分析每个cluster中分子间弱相互作用的的强弱。看了sob老师写的一些关于弱相互作用的博文，仍然比较迷茫。
因为我需要处理很多cluster（接近1000个），因此最好是能够通过具体的数值来反应强弱。请教老师，应该从哪方面入手分析比较好呢？
注：cluster的也不是很小，因此无法通过量化计算提供包含有波函数信息的文件。现在考虑是仅仅从gro文件得到分子坐标文件，用于弱相互作用分析。

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-21 18:11:52

你用分子动力学得到的，那直接读log文件不就行了

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-9-21 19:00:24

fhh2626 发表于 2018-9-21 18:11
你用分子动力学得到的，那直接读log文件不就行了

MD得到的是整个体系的吧。我现在的体系只是其中的一个cluster

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-21 19:25:56

让你变成回忆发表于 2018-9-21 19:00
MD得到的是整个体系的吧。我现在的体系只是其中的一个cluster

把cluster提取出来跑0步啊

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-9-21 19:55:06

fhh2626 发表于 2018-9-21 19:25
把cluster提取出来跑0步啊

对哈。这样也相当于是一个基于力场的能量分解。

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-21 20:29:57

最直接简单的方法，用gromacs的energy groups，将跑好的轨迹rerun一遍，edr里面就有各个组之间的各种相互作用项，通过gmx energy提取来分析即可

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-9-21 21:53:54

本帖最后由让你变成回忆于 2018-9-21 21:55 编辑

sobereva 发表于 2018-9-21 20:29
最直接简单的方法，用gromacs的energy groups，将跑好的轨迹rerun一遍，edr里面就有各个组之间的各种相互作 ...

OK，明白了。我去试试。下午还捣鼓了一下用Multiwfn新功能之基于力场能量分解。用的GAFF，提示说原子类型没找到，还没去具体解决这个问题。
谢谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-21 22:17:30

让你变成回忆发表于 2018-9-21 21:53
OK，明白了。我去试试。下午还捣鼓了一下用Multiwfn新功能之基于力场能量分解。用的GAFF，提示说原子类型 ...

用Multiwfn的能量分解当然也可以
只不过要用于轨迹，你得自己写个脚本
用GAFF说没找到原子类型肯定是你写的原子类型不是GAFF力场里定义之一，或者你做分析之前没有把力场从默认的AMBER切换为GAFF

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