关于gaussian构建团簇模型的问题

kevin · 发表于 Post on 2015-11-19 20:29:14

各位老师，我想算一下分子筛催化剂（如H-ZSM5)催化有机分子的反应，我看了一些文献，大多采用团簇模型，或者周期性模型。据我了解周期性模型更耗时，所以我想先尝试一下团簇模型。我的问题是：1.我该怎么构建这个催化剂模型呢？文献里的计算方法部分没太搞不懂，比如常用的12T，34T,128T之类的，该怎么去构建这个呢？我用CCDC查了一下也没查到相关的结构。（也可能是我不会用CCDC）。2.如果有了这个催化剂的结构了，怎么用关键字呢？文献里写到初始优化的时候固定活性位点附近的原子，其他原子relax。加入有机分子之后再优化的时候就都relax（不知道我理解对了没有）。这个是怎么实现的？用opt=modredundant，然后在所有坐标后边用B x x F来固定么？

请各位老师指导下，谢谢啦

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-19 23:21:27

照常优化，优化时要固定的原子后面写上-1，其它写0就行了，诸如
O    0       0.00000000 0.00000000 -0.11081188
H    -1       0.00000000 0.58397589 0.44324751
H    -1       0.00000000 -0.58397589 0.44324751

用opt=modredunant时也可以固定原子，诸如
4 F
代表固定4号原子，可以往下写无数个。你说的B x x F是固定化学键长度。

另外也可以用opt=ReadFreeze然后分子坐标后面空一行写上诸如
noatoms atoms=5-70
来固定5-70号原子。

kevin · 发表于 Post on 2015-11-20 08:29:16

谢谢sob老师。计算所用的催化剂模型就自己在GV里画么？不是从CCDC数据库里拿来的结构？（读的文献里确实也没提CCDC）

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-20 08:47:21

kevin 发表于 2015-11-20 08:29
谢谢sob老师。计算所用的催化剂模型就自己在GV里画么？不是从CCDC数据库里拿来的结构？（读的文献里确实也 ...

我不做分子筛这块，你可以问问此帖4L http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2159，他在这方面很精通。

kevin · 发表于 Post on 2015-11-20 08:48:40

好的，谢谢sob老师

王者归来-皇 · 发表于 Post on 2018-10-28 09:34:38

sobereva 发表于 2015-11-19 23:21
照常优化，优化时要固定的原子后面写上-1，其它写0就行了，诸如
O 0 0.00000000 0.00000 ...

老师，我想问一下，如果我从cif文件提取出一个12T的团簇结构，我在此基础上加H后，还需要固定其他原子优化结构吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-28 10:38:20

王者归来-皇发表于 2018-10-28 09:34
老师，我想问一下，如果我从cif文件提取出一个12T的团簇结构，我在此基础上加H后，还需要固定其他原子优 ...

将原先与周围环境直接相连的重原子的坐标都固定

王者归来-皇 · 发表于 Post on 2018-10-28 10:56:54

sobereva 发表于 2018-10-28 10:38
将原先与周围环境直接相连的重原子的坐标都固定

谢谢，不好意思，才知道这个，我好好看看群规

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