gaussian+pysoc程序的一个可能的bug

xaomidaxue · 发表于 Post on 2018-11-20 21:38:11

最近用到sober老师帖子中的http://sobereva.com/411中关于使用gaussian+pysoc计算Sn<SOC>Tn。我在用有机铱配合物计算的时候，按照教程中的实例2：计算Os配合物的单-三重态间的旋轨耦合矩阵元进行计算中，我的配合物由于用到了氘原子（H同位素）导致molsoc 运行失败，导致没有产生molsoc_overlap.dat这个文件（详细见http://bbs.keinsci.com/thread-11443-1-1.html）。接着我把氘原子换成氢原子，pysoc执行成功。
请教一下老师，这个是不是pysoc可能的一个bug，因为我来来回回尝试多次，发现上述现象能够重复。
同时请教一下老师，如何使得pysoc能够支持同位素分析。
谢谢！

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-11-20 22:05:56

本帖最后由让你变成回忆于 2018-11-20 22:09 编辑

其实这本来也只是别人写的一个程序，并且免费开源。当时测试的时候不可能考虑得面面俱到，因此难免会有一些不兼容的情况。比如我以前遇到：geom=check的时候程序用不了，因为读取坐标的地方不对等等。要想兼容更多的情况，就需要自己进行各种测试，然后修改源代码。

你这种情况得看molsoc的输入文件是否正确，molsoc是否支持你的输入文件计算等等。pysoc本身只是从Gaussian的输出和rwf文件中提取数据，然后产生molsoc的输入文件用于molsoc计算。

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-21 00:19:59

计算时候甭设同位素就完了，这也不影响电子结构、电子能量、优化等
算热力学量、振动频率之类的，之后再用freqchk处理一下就完了

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