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[GROMACS] 轨迹动画主体的两条链分离且离开了盒子要如何解决

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本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-6 09:43 编辑

我得到的tpr、xtc文件后对其进行了-pbc whole, -pbc nojump,  -pbc mol -ur compact -center,  -fit rot+trans以上这些处理,但是得到的轨迹动画是两条主体链并没有居中而且离开了box,我尝试不经过上述处理来看轨迹动画,两条链会非常不稳定,一会分开一会居中,请问这种情况要如何解决呢?
因为发不了贴,在这里补充一下,换了cubic盒子后,还是出现上述情况,但我上一次的模拟跟这一次的差别仅仅是调整了配体的位置,上一次经过同样的处理就不会发生跳动,请问要如何解决呢?

1683188978306.png (101.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

vmd轨迹动画

vmd轨迹动画

WeChat_20230506094244.mp4

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轨迹动画

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发表于 Post on 2023-5-4 16:49:33 | 只看该作者 Only view this author
用矩形盒子,免得把问题复杂化
盒子似乎偏小
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-4 17:46:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-6 09:48 编辑
sobereva 发表于 2023-5-4 16:49
用矩形盒子,免得把问题复杂化
盒子似乎偏小

感谢sob老师!我尝试重新跑了一次模拟,这次换成cubic盒子,但还是出现了上述的问题

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