求助，使用LigParGen或者sobtop发现分子总电荷不为0

非好汉 · 发表于 Post on 2023-6-6 19:07:00

各位大佬，使用LigParGen或者sobtop发现分子总电荷不为0，差0.0002，想问一下，可以把这0.0002分给分子中的一些原子吗，其中被分电荷的原子分到的电荷最多0.00005，可以吗？还是说要用Multiwfn去计算原子的电荷。

牧生 · 发表于 Post on 2023-6-6 20:23:53

1. sobtop根本不计算电荷，sobtop得到的分子itp中的总电荷一定是0。
2. 可以手动分配给某个或者某几个带电荷比较多的原子。
3. 用懒人脚本计算有机分子的RESP2电荷，既合理，且简单又傻瓜化。然后把分子itp中的电荷那一列替换为RESP2电荷，才是最最合理的做法。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-7 09:59:19

你不让sobtop调用Multiwfn或Openbabel计算原子电荷、而且也不让sobtop从chg文件里读取原子电荷的话，产生的所有原子电荷直接就是0，加和也自然是0。

假设之前获得原子电荷的方法是合理的，0.0002可以通过调节原子电荷手动修正。
如果你用Multiwfn计算原子电荷，给出的小数位数足够多，不会累积出0.0002程度的误差。

牧生 · 发表于 Post on 2023-6-7 11:13:56

本帖最后由牧生于 2023-6-7 11:15 编辑

盲猜，你不是用的linux。。

装个rockylinux吧，桌面版也很熟悉很好用的

非好汉 · 发表于 Post on 2023-6-7 16:42:05

牧生发表于 2023-6-6 20:23
1. sobtop根本不计算电荷，sobtop得到的分子itp中的总电荷一定是0。
2. 可以手动分配给某个或者某几个带 ...

好的，谢谢

非好汉 · 发表于 Post on 2023-6-7 16:42:16

sobereva 发表于 2023-6-7 09:59
你不让sobtop调用Multiwfn或Openbabel计算原子电荷、而且也不让sobtop从chg文件里读取原子电荷的话，产生的 ...

好的，老师

非好汉 · 发表于 Post on 2023-6-7 16:42:54

牧生发表于 2023-6-7 11:13
盲猜，你不是用的linux。。

装个rockylinux吧，桌面版也很熟悉很好用的

好的，大佬，我会试试的

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