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[综合交流] ECD计算结构和实测值拟合的不好

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本帖最后由 xuj 于 2017-11-20 17:45 编辑

请教各位,我最近用gauss计算一个化合物的ECD,发现计算的结果和实测的结果拟合的不是很好,附件为其中一个优势构象的input文件,图1为计算结果和实测值的结果(其中黑色线条为实测值),图2为化合物的相对构型,请问各位大神可能是什么原因造成的?如何解决?非常感谢!

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发表于 Post on 2017-10-28 21:11:39 | 只看该作者 Only view this author


当前情况主要考虑溶剂因素、结构绘制是否有问题、构象选取

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eV +5 收起 理由
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ChrisZheng + 5 总结的好 学习了

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发表于 Post on 2017-10-28 21:39:21 | 只看该作者 Only view this author
楼主,一点建议:
1 构象搜索,你的分子有三个构象。
2 结构优化和频率计算使用b3lyp/6-311G**同时考虑溶剂效应(PCM)就好了,基组不用+
3 tddft计算一般考虑单重态,还有换一个泛函和基组。
综上所述,你的计算路径修改为
# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) geom=connectivity scrf(solvent=你测试CD所用溶剂) temp=(你测试CD的温度,摄氏度转为热力学温标) test

# td=(singlets,nstate=20) pbe1pbe/aug-ccpvdz geom=allcheck guess=read scrf(solvent=你测试CD所用溶剂) test

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-29 21:37:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-28 21:11
当前情况主要考虑溶剂因素、结构绘制是否有问题、构象选取

谢谢您的热心帮助,学习了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-29 21:38:29 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2017-10-28 21:39
楼主,一点建议:
1 构象搜索,你的分子有三个构象。
2 结构优化和频率计算使用b3lyp/6-311G**同时考虑溶 ...

非常谢您的详细解答,我试试看!

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发表于 Post on 2019-5-14 07:07:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 欢乐多 于 2019-5-14 07:09 编辑
sobereva 发表于 2017-10-28 21:11
当前情况主要考虑溶剂因素、结构绘制是否有问题、构象选取

Sob老师,分子构象搜索只有1个构象,算ECD,附件里的这个优化的基组选择是否正确?之前选择# opt freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity得出结果与实验结果拟合不好,

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发表于 Post on 2019-5-14 20:33:30 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-5-14 07:07
Sob老师,分子构象搜索只有1个构象,算ECD,附件里的这个优化的基组选择是否正确?之前选择# opt freq b3 ...

HF/6-31G*计算属于搞笑。文章能发出去就怪了

该用什么仔细看下文了解最基本常识

简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
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发表于 Post on 2019-5-14 23:55:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 20:33
HF/6-31G*计算属于搞笑。文章能发出去就怪了

该用什么仔细看下文了解最基本常识

好的,老师,我再多看看,非常感谢Sob老师!啥时候能上您的课啊,成为您的课堂学生,知道的晚了,上次报名错过去了,期待下一次的课堂!
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发表于 Post on 2019-5-15 00:09:41 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-5-14 23:55
好的,老师,我再多看看,非常感谢Sob老师!啥时候能上您的课啊,成为您的课堂学生,知道的晚了,上次报 ...

时间问题看
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sobereva 发表于 2019-5-15 00:09
时间问题看
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Sob老师,为了获得ECD,这个激发态计算花了十多个小时还没算完,是基组或方法选择问题吗?您看这个文件是否合适?

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发表于 Post on 2019-5-16 14:47:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 biogon 于 2019-5-16 14:51 编辑
欢乐多 发表于 2019-5-16 06:50
Sob老师,为了获得ECD,这个激发态计算花了十多个小时还没算完,是基组或方法选择问题吗?您看这个文件是 ...

你这没写td计算要算的态数,还有加弥散函数干嘛

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发表于 Post on 2019-5-17 01:08:39 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-5-16 06:50
Sob老师,为了获得ECD,这个激发态计算花了十多个小时还没算完,是基组或方法选择问题吗?您看这个文件是 ...

算ECD只算默认三个态根本不够
但凡问耗时的时候必须把计算条件说清楚
仔细监控输出文件看算到什么程度了
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sobereva 发表于 2019-5-17 01:08
算ECD只算默认三个态根本不够
但凡问耗时的时候必须把计算条件说清楚
仔细监控输出文件看算到什么程度 ...

好的,谢谢您,已经找到增加态的方法了。
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sobereva 发表于 2019-5-17 01:08
算ECD只算默认三个态根本不够
但凡问耗时的时候必须把计算条件说清楚
仔细监控输出文件看算到什么程度 ...

Sob老师,算到L914时,有警告,是怎么回事?附件是输入文件,是不是输入哪地方有问题?

4KO{JUHOXQ()1RIM_{XXHYT.png (8.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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发表于 Post on 2019-5-17 07:15:07 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-5-17 07:03
Sob老师,算到L914时,有警告,是怎么回事?附件是输入文件,是不是输入哪地方有问题?

经过查询http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html帖子,这个warning属于正常。
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