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[GROMACS] 安装gromacs过程中不出现fftw338文件夹的问题求助解决

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本人电脑小白,按照网上寻找到的教程安装成功模拟机到安装gromacs时卡在了fftw库中

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发表于 Post on 2019-11-3 18:03:51 | 只看该作者 Only view this author
仔细照着操作,视频都录了,没法说得更清楚
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-3 18:17:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-3 18:03
仔细照着操作,视频都录了,没法说得更清楚
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/4 ...

嗯,谢谢老师,我想问一下为什么我输入cmake  终端说没有这个指令呢

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truffle

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发表于 Post on 2019-11-4 09:16:13 | 只看该作者 Only view this author
要么编译gromacs的时候写-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
要么自己编译一个fftw
http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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发表于 Post on 2019-11-4 09:48:40 | 只看该作者 Only view this author
猴子好坏 发表于 2019-11-3 18:17
嗯,谢谢老师,我想问一下为什么我输入cmake  终端说没有这个指令呢

严格参照视频操作,100%严格重复视频就100%能行。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-27 20:33:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-4 09:48
严格参照视频操作,100%严格重复视频就100%能行。

老师,您好,我在帮我朋友安装gromacs过程中fftw的压缩包解压没有出现错误但到gromacs压缩包是压缩出现错误   错误内容是 tar: Skipping to next header

gzip: stdin: unexpected end of file
tar: Child returned status 1
tar: Error is not recoverable: exiting now

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发表于 Post on 2019-11-28 02:15:46 | 只看该作者 Only view this author
猴子好坏 发表于 2019-11-27 20:33
老师,您好,我在帮我朋友安装gromacs过程中fftw的压缩包解压没有出现错误但到gromacs压缩包是压缩出现错 ...

文件没传输完整
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-3 21:58:41 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,我想请问一下可不可以把gromacs教程中的伞取样和水中甲烷理解为前者是求结合能后者是求自由能的教程呀?

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发表于 Post on 2019-12-4 06:50:54 | 只看该作者 Only view this author
猴子好坏 发表于 2019-12-3 21:58
sob老师,我想请问一下可不可以把gromacs教程中的伞取样和水中甲烷理解为前者是求结合能后者是求自由能的 ...

后者是水合自由能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 19:58:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 猴子好坏 于 2019-12-4 20:21 编辑
sobereva 发表于 2019-12-4 06:50
后者是水合自由能

老师,我想请问一下电脑硬件会不会影响跑出来的数据呀?要是有那影响大不大呀


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发表于 Post on 2019-12-4 21:30:45 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
很可能简单的问题:你没有权限建立文件夹,没有用root登陆操作。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 07:17:37 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2019-12-4 21:30
很可能简单的问题:你没有权限建立文件夹,没有用root登陆操作。

嗯嗯,谢谢你

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 19:38:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-4 06:50
后者是水合自由能

老师,我想请问一下五个人学习分子对接各种软件和可视化软件五个月,最后能仅凭电脑软件来发文章吗?虽然听起来有点不知天高地厚的感觉但我还是想知道这其中的可能性

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发表于 Post on 2019-12-8 19:06:32 | 只看该作者 Only view this author
猴子好坏 发表于 2019-12-4 19:58
老师,我想请问一下电脑硬件会不会影响跑出来的数据呀?要是有那影响大不大呀

问题不够具体,什么程序,什么版本,什么任务,什么硬件跟什么硬件对比都得交代清楚
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发表于 Post on 2019-12-8 19:07:02 | 只看该作者 Only view this author
猴子好坏 发表于 2019-12-5 19:38
老师,我想请问一下五个人学习分子对接各种软件和可视化软件五个月,最后能仅凭电脑软件来发文章吗?虽然 ...

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