求助：Pb和O2生成PbO反应过渡态搜索问题

霍亚金 · 发表于 Post on 2020-2-23 21:37:45

各位老师好，Pb和O2反应生成PbO，搜索过渡态时，跑irc后一端PbO和O原子明显有远离的趋势，但对其opt优化后又连在一起；氧气自旋多重度1和3都尝试过也不行；
也找到几个过渡态，但irc跑出来都是O-Pb-O的三角结构；
查阅过关于这个反应的一篇文献，但是模拟不出来；
希望老师指点！（相关计算文件已上传）

reedfy · 发表于 Post on 2020-2-23 23:35:44

我也遇到过这种问题，过渡态的趋势是对的，但是irc右端产物优化一下，就又生成其他结构了，特别是生成一个自由基的反应，会再结合，希望有大佬指点一下

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-24 15:21:46

减小优化步长上限。opt里写maxstep=5,notrust再试

霍亚金 · 发表于 Post on 2020-2-24 15:51:13

sobereva 发表于 2020-2-24 15:21
减小优化步长上限。opt里写maxstep=5,notrust再试

老师，加上之后，生成的自由基离开一段后，还是连在了一起，和之前一样

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-24 17:49:43

Interesting，IRC=(calcall,stepsize=2)的freq已收敛的结构，拿出来读结构读初猜freq是远远不收敛的

霍亚金 · 发表于 Post on 2020-2-24 18:22:33

liyuanhe211 发表于 2020-2-24 17:49
Interesting，IRC=(calcall,stepsize=2)的freq已收敛的结构，拿出来读结构读初猜freq是远远不收敛的

老师，是用IRC=(calcall,stepsize=2)再算一遍吗？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-24 18:30:43

霍亚金发表于 2020-2-24 18:22
老师，是用IRC=(calcall,stepsize=2)再算一遍吗？

我算过了，没有解决问题。补充一些信息。看看其他人有什么看法。

霍亚金 · 发表于 Post on 2020-2-24 18:36:55

liyuanhe211 发表于 2020-2-24 18:30
我算过了，没有解决问题。补充一些信息。看看其他人有什么看法。

好吧，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-24 20:23:00

霍亚金发表于 2020-2-24 15:51
老师，加上之后，生成的自由基离开一段后，还是连在了一起，和之前一样

opt里加上calcall再试。如果依然如此，把收敛限放宽，只要受力足够小的就当成已经达到极小点就完了

mutron · 发表于 Post on 2020-2-24 22:18:50

本帖最后由 mutron 于 2020-2-24 23:12 编辑

TS opt=tight、int=ultrafine，IRC产物优化读取IRC=reverse的波函数，哪怕修改成opt=(calcall,maxstep=1,notrust,loose,maxcycle=100)都会优化成等腰三角形那个构象，有可能是TS不正确。检查了一下题主的TS波函数并不稳定，stable=opt获取稳定波函数再计算过渡态、IRC产物再优化就没有这个问题了

另外题主可否给一下你的参考文献（我看到那个M1几何结构根本摆不出来，箭头也标错了，这文献结果值得怀疑）？以前算过类似的体系B3LYP给不出准确的几何参数，这种大小和体系应该用CCSD来考察DFT的准确性

霍亚金 · 发表于 Post on 2020-2-25 10:30:14

本帖最后由霍亚金于 2020-2-25 10:40 编辑

mutron 发表于 2020-2-24 22:18
TS opt=tight、int=ultrafine，IRC产物优化读取IRC=reverse的波函数，哪怕修改成opt=(calcall,maxstep=1,no ...

stable=opt后，再ts,发现换了个过渡态结构，但是波函数又不稳定了，作irc一端直接就是三角形那个构象。
文献里的结构，我摆成一样的，也得不到和他一样的结果，即使改为相同的方法和机组也不行。
我把文献上来你看一下。

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-2-25 10:34:21

这种文章还是要小心为妙啊，作者算的不一定是对的。要处处检验波函数稳定性。

霍亚金 · 发表于 Post on 2020-2-25 10:43:35

sobereva 发表于 2020-2-24 20:23
opt里加上calcall再试。如果依然如此，把收敛限放宽，只要受力足够小的就当成已经达到极小点就完了

opt=(calcall,maxstep=5,notrust,loose,maxcycle=100)试了还是不行

霍亚金 · 发表于 Post on 2020-2-25 16:27:48

霍亚金发表于 2020-2-25 10:43
opt=(calcall,maxstep=5,notrust,loose,maxcycle=100)试了还是不行

opt=(maxstep=5,notrust,loose)，结果没有连在一起，但是出现虚频，该怎么办

mutron · 发表于 Post on 2020-2-27 01:29:08

霍亚金发表于 2020-2-25 10:30
stable=opt后，再ts,发现换了个过渡态结构，但是波函数又不稳定了，作irc一端直接就是三角形那个构象。
...

2014那篇PbO2反应不是直线那堆分子几何参数全是有问题的我一个都摆不出来，包括示意图的箭头那么明显标错了、前面O2分子的参数也错了，可见这是多么不用心。我试了很多他有可能出错的地方都重复不了他的结果，更何况这么小一个体系还用B3LYP、Pb用SDD、O用pople基组，有点不够看了

2004那篇起码你还能按照它的示意图摆出分子结构，但是它居然给O原子用SDD基组，用的还是MP2，而且算了一下M1结果波函数并不稳定，结果也就没太大用处了。好处是你可以把他的分子结构作为初猜用CCSD/def2TZVPP自己优化一遍，再CCSD(T)获取准确单点能量

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