模拟预处理中nvt和npt的问题

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-3 10:17:57

请问，nvt是不是指等温等压体系，npt.mdp中热浴和压浴都有，npt是指的什么体系？

chands · 发表于 Post on 2022-9-3 10:24:22

本帖最后由 chands 于 2022-9-3 10:28 编辑

NVT显然是等温等容（正则）系综，NPT是等温等压系综。

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-3 10:59:28

chands 发表于 2022-9-3 10:24
NVT显然是等温等容（正则）系综，NPT是等温等压系综。

和nvt.mdp中的gen_vel，gen_temp，gen_seed参数有关吗？

chands · 发表于 Post on 2022-9-3 11:06:55

大头攒毛发表于 2022-9-3 10:59
和nvt.mdp中的gen_vel，gen_temp，gen_seed参数有关吗？

我不懂GROMACS，不知道。但是NVT都是固定盒子设置热浴，NPT是不固定盒子同时设置热浴和压浴。

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-3 11:57:33

chands 发表于 2022-9-3 11:06
我不懂GROMACS，不知道。但是NVT都是固定盒子设置热浴，NPT是不固定盒子同时设置热浴和压浴。

谢谢

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-9-3 18:14:07

大头攒毛发表于 2022-9-3 10:59
和nvt.mdp中的gen_vel，gen_temp，gen_seed参数有关吗？

这三个参数和模拟是否读取初速度有关，刚做完能量最小化得到的gro文件里面没有速度，为了让模拟中的温度不是从0开始，需要给每个原子设定初速度，设置gen_vel=yes,gen_temp=300，就可以产生合适的初速度，gen_seed是产生初速度用的随机数种子。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-3 20:41:19

大头攒毛发表于 2022-9-3 10:59
和nvt.mdp中的gen_vel，gen_temp，gen_seed参数有关吗？

没关系。那些是产生初速度的设置，而不是控温、热浴的设置。

用了热浴和压浴就是NPT，只用热浴不用压浴就是NVT

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-5 10:51:56

sobereva 发表于 2022-9-3 20:41
没关系。那些是产生初速度的设置，而不是控温、热浴的设置。

用了热浴和压浴就是NPT，只用热浴不用压 ...

谢谢sober老师

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-5 10:53:16

Frozen-Penguin 发表于 2022-9-3 18:14
这三个参数和模拟是否读取初速度有关，刚做完能量最小化得到的gro文件里面没有速度，为了让模拟中的温度 ...

谢谢回复。gen_temp这个值，是可以在0到300内随意设置吗？

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-5 10:54:28

Frozen-Penguin 发表于 2022-9-3 18:14
这三个参数和模拟是否读取初速度有关，刚做完能量最小化得到的gro文件里面没有速度，为了让模拟中的温度 ...

谢谢回复

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-9-5 14:16:43

大头攒毛发表于 2022-9-5 10:53
谢谢回复。gen_temp这个值，是可以在0到300内随意设置吗？

具体设置成多少程序没有限制，一般设置成300K左右（常温），特殊情况也可以设置其他值

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-10 14:43:33

大头攒毛发表于 2022-9-5 10:53
谢谢回复。gen_temp这个值，是可以在0到300内随意设置吗？

如果实际模拟发现不会崩溃，是如此
为稳妥，建议设较小数值，或者完全不产生初始速度

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-9-11 20:20:53

sobereva 发表于 2022-9-10 14:43
如果实际模拟发现不会崩溃，是如此
为稳妥，建议设较小数值，或者完全不产生初始速度

好的，谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 模拟预处理中nvt和npt的问题