计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11220|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[科研杂谈] 小白希望大佬科普下量子化学、分子模拟、第一性原理的含义和联系

[复制链接 Copy URL]

42

帖子

0

威望

230

eV
积分
272

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
我理解的量化模拟就是建模、优化、跑程序看一个或两三个物质之间的微观联系,比如结合能、氢键组合情况之类的;而分子模拟则是在限定空间里,几百个已经优化好结构的物质,在牛顿力场作用下,运行一定时间,看宏观上分子之间的变化;第一性原理道理是什么,感觉脑袋比较懵。希望各位大佬能帮忙科普下三个名词的内涵和相互关系,谢谢啦!

290

帖子

7

威望

3187

eV
积分
3617

Level 5 (御坂)

石墨

2#
发表于 Post on 2019-9-11 23:47:00 | 只看该作者 Only view this author
这种迷惑根源上在语用学。
比如某人说“做了XX体系的量化计算”,这里“量化计算”含义可能是“用A理论B方法C条件计算了能量、光谱等数据”,和“应用量子力学原理研究化学问题”原意不同。
单说“我做了些量化的工作、第一性的工作”,也就是传达“是个计算的、没什么经验成分的理论研究”的意思。

至于现阶段的习惯,量化这个词用HF、DFT、后HF、多参考态、半经验等各种量化方法研究任何体系都可以说;第一性原理不包含半经验和DFA(Density Functional Approximation),但一般是搞固体材料计算、用VASP、CP2K的人常说;分子模拟一般指用力场模拟介观尺度的体系,不涉及量子力学原理。
镜像空间计算模拟

3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18426

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

3#
发表于 Post on 2019-9-12 02:12:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 卡开发发 于 2019-9-12 02:16 编辑

一般把不含有参数,仅通过薛定谔方程和一些基本常数出发进行的计算称为从头算或第一原理,比如上面提到的HF系列的方法就都是,其他还有QMC等等。DFT本身是个general的理论,但是由于没有有效途径找到精确的交换-关联泛函,交换-关联泛函的模型都是使用引进参数的近似模型,一般这些模型参数不多也不会随着体系不同(比如不同原子种类)而发生变化,因此认为一定程度上是普适的,所以通常也作为第一原理的方法。这是很多人用DFT却还自称用的是第一原理方法的原因。

半经验方法求解的时候还是基于HF或DFT等,保留了电子结构信息,但在计算的时候会针对不同元素引入不同经验性参量。比如PM6等都是通过经验公式和参数化一些分子积分来加速计算,使得计算能够在更大体系中进行。一般量子化学(处理电子结构而言)应该包含从头算和半经验这两种方式。

分子模拟这个词的意思我没具体考究过就不做什么讨论了。现在很多词都被乱用,已经不是原来的那个意思了。


评分 Rate

参与人数
Participants 4
eV +12 收起 理由
Reason
Yolanda小雯雯 + 3 谢谢
rice + 3 谢谢分享
Marisa + 3 谢谢
ABetaCarw + 3 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112353

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-9-12 10:06:12 | 只看该作者 Only view this author
量子化学=将量子力学研究手段用于化学体系(词语境下主要指分子、团簇这些孤立体系)的研究当中。你对量子化学的认识过于狭隘。不清楚的话看看wiki之类,以及本论坛量化版的讨论

广义的分子模拟几乎包含所有计算化学牵扯的范畴,你去看J. Mol. Model.期刊、专著Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.)就知道几乎什么类型的计算研究主题都能算进去。狭义的分子模拟主要指分子动力学、蒙特卡罗、分子对接等手段。

第一性原理这个词的字面意思和目前一般的指代有明显出入。原意是基于不依赖于经验参数的理论方法进行的研究,如今通常泛指通过量子力学手段研究周期性体系(很大程度上和“固体量子化学”划等号,主要研究固体和表面)。第一性原理计算目前主要基于DFT理论,而哪怕很多常用的DFT泛函里包含经验参数,仍叫第一性原理计算,不那么较真。

你看本论坛的这三个板块主要讨论的内容很容易就心里有数了。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +8 收起 理由
Reason
zzffzz33 + 3 精品内容
ChaosChiao + 5 精品内容

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

1043

帖子

0

威望

4106

eV
积分
5149

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2019-9-12 18:38:08 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
看出身吧。化学背景且偏理论的叫量化,偏应用的叫分子模拟,物理背景的叫做第一性原理(不限于固体,有人把任何体系的DFT计算都叫第一性原理计算)。个人感觉,胡诌勿喷

10

帖子

0

威望

803

eV
积分
813

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2019-9-13 15:21:09 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2019-9-12 18:38
看出身吧。化学背景且偏理论的叫量化,偏应用的叫分子模拟,物理背景的叫做第一性原理(不限于固体,有人把 ...

这个回答是现在做计算的现状。基本是这样的。

42

帖子

0

威望

230

eV
积分
272

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-15 22:48:34 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2019-9-11 23:47
这种迷惑根源上在语用学。
比如某人说“做了XX体系的量化计算”,这里“量化计算”含义可能是“用A理论B方 ...

谢谢您的回复

42

帖子

0

威望

230

eV
积分
272

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-15 22:55:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-12 10:06
量子化学=将量子力学研究手段用于化学体系(词语境下主要指分子、团簇这些孤立体系)的研究当中。你对量子 ...

谢谢sob老师的建议,我会继续学习的

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 16:27 , Processed in 0.196047 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list