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[新手求助] 食品油脂反应过渡态的研究

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楼主
大家好,我做的是食品油脂这块的,涉及到的反应体系是两种油脂在酶的作用下反应生成一种新物质,那么生成的过程中会产生副反应,我则想研究一下这部分副反应对于正反应的影响,研究一下过渡态的情况,那这个体系是很复杂的,因为酶是大分子,油脂的话,分子链也挺长,所以想问你一下这么复杂的体系不知道能不能做呢?希望做这块的,或者有这方面经验的人替小弟解答一下,十分感谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-3 09:47:06 | 只看该作者 Only view this author
这个帖子要被沉了~
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发表于 Post on 2017-6-3 13:23:20 | 只看该作者 Only view this author
把酶截出来活性位点(团簇模型),或者用ONIOM,然后根据情况可以适当把油脂分子进行简化,放在合适位置,然后找过渡态计算。计算条件很好的话,两三百原子的模型体系也能承受(指的是DFT级别描述的原子数)。如果机子一般,那么就得结合化学、理论直觉更小心谨慎地去设计模型体系,把原子数控制在150,最好100以内。
一定要先找前人提出过的机理,如果有相关计算研究文章更好,参考那些文章,自行摸索着去做

此文可以作为一定参考http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5916
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-3 13:29:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-3 13:23
把酶截出来活性位点(团簇模型),或者用ONIOM,然后根据情况可以适当把油脂分子进行简化,放在合适位置, ...

好的,sob老师,我学习一下,谢谢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-17 17:22:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-3 13:23
把酶截出来活性位点(团簇模型),或者用ONIOM,然后根据情况可以适当把油脂分子进行简化,放在合适位置, ...

老师,想咨询你一下配置的问题,下面这个配置对于我做这方面,够不够呢?

CPU:2 颗 Intel Xeon E5-2699 v4 CPU, 最新 Broadwell 架构,22Core, 44 Thread,2.2GHz, 55MB L3 Intel Smart Cache
内存:64GB(8*8GB,预留 8 个内存插槽) DDR4
显卡:2GB 独立显卡
硬盘:512GB SSD 固态硬盘作系统加速盘       4TB 7200RPM SATA 企业级硬盘存储数据
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发表于 Post on 2017-7-17 17:31:13 | 只看该作者 Only view this author
jackieiii 发表于 2017-7-17 17:22
老师,想咨询你一下配置的问题,下面这个配置对于我做这方面,够不够呢?

CPU:2 颗 Intel Xeon E5-26 ...


够,但对于44核机子来说64GB太小,建议128GB
2GB独立显卡不明不白
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-18 14:31:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-17 17:31
够,但对于44核机子来说64GB太小,建议128GB
2GB独立显卡不明不白

好的,老师,这2GB独立显卡不要吗,换成集显啊?
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发表于 Post on 2017-7-18 14:43:49 | 只看该作者 Only view this author
jackieiii 发表于 2017-7-18 14:31
好的,老师,这2GB独立显卡不要吗,换成集显啊?

老师的意思是这个要用gpu级别显卡

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-18 15:58:11 | 只看该作者 Only view this author
哦哦,好的,不好意思,对硬件不是很懂~
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发表于 Post on 2017-7-19 05:41:52 | 只看该作者 Only view this author
jackieiii 发表于 2017-7-18 14:31
好的,老师,这2GB独立显卡不要吗,换成集显啊?


我是指要写明型号,光说2GB,具体显卡规格可能差别大了去了。
如果纯粹量化用机子,用集显足矣,就算涉及3D显示分子结构,几十块钱买个二手PCI-E显卡也够了。
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发表于 Post on 2019-10-31 13:22:44 | 只看该作者 Only view this author
您好 我是刚准备用模拟软件的新手  也是想做油脂体系  想请问您是模拟了油脂混合体系还是模拟的某一种脂肪酸呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-2 21:51:19 | 只看该作者 Only view this author
要顺利毕业呀 发表于 2019-10-31 13:22
您好 我是刚准备用模拟软件的新手  也是想做油脂体系  想请问您是模拟了油脂混合体系还是模拟的某一种脂肪 ...

甘油三酯/甘油二酯
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发表于 Post on 2019-11-4 15:39:03 | 只看该作者 Only view this author
jackieiii 发表于 2019-11-2 21:51
甘油三酯/甘油二酯

是甘三酯和甘二酯的混合物吗? 请问您是自己画的分子式还是导入的已有分子式呢?甘油三酯连接了三个脂肪酸,这三个脂肪酸要咋办呀。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-5 09:28:58 | 只看该作者 Only view this author
都有,目前做的是甘油二酯。
分子是数据库找的,当然有的只能找到2D结构,所以从数据库导出进行进化的。
第三个问题没搞懂?
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