在进行模拟前.top.itp.gro文件生成时遇到的问题

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-16 14:46:44

老师好，学生目前想做的是A,B,C分子在水中的溶解情况。
目前已完成的工作有：1、使用Sobtop已经产生了A,B,C分子的.itp.gro.top文件
2、使用Packmol构建了若干个A,B,C与水的盒子模型，产生了mix.pdb文件
学生的疑惑是：Q1:是否使用Spbtop来产生mix盒子的.itp.gro.top作为动力学模拟所需要的文件吗？
Q2:如果不是，应该怎样产生进行模拟时需要的.gro.itp.top文件？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-16 16:11:52

没有叫Spbtop的东西

自己根据GROMACS的基本常识手写top文件，令[molecules]里分子数和顺序和结构文件对应，把该include的itp给include进去，并且确保字段顺序正确，诸如[atomtypes]必须出现在任何[moleculetype]定义之前。

如果没有基本相关常识、理解不了我说的这些，可以通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）完整系统从头学一遍，就都清楚了

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[GROMACS] 在进行模拟前.top.itp.gro文件生成时遇到的问题