用ds分子对接 刚性柔性对接RMSD值都大于2 想问有什么参数可改进

哈哈哈

老师 就是我用DS 3.1 做分子对接 做药物的改构 首先验证对接模型的有效性
文件中 1xkk为晶体结构(晶体结构中小分子lapatinib有N-MET793氢键 F-THR790氢键)   ab-lapatinib为配体小分子 做对接时去除了配体小分子
先用的刚性对接libdock hotspots100     调活性的半径 最后觉得10的RMSD相对小一点
                                 然后半径为10   调hotspots     最后还是100 RMSD相对小一点
刚性对接中有N-MET793氢键 F没有

然后做了柔性对接flexible docking  hotspots100   半径10 以配体结合位点的原子（show ligand binding site atom）相应的残基为柔性残基  与lapatinib晶体结构差异大感觉两边是反着的
                                                 hotspots100   半径15 以配体结合位点的原子（show ligand binding site atom）相应的残基为柔性残基  与lapatinib晶体结构差异大

（其中RMSD是直接将打分最高的laptinib的结构和晶体结构放在一起做的RMSD superimpose-RMSD是直接将打分最高的laptinib的结构和晶体结构放在一起先superimpose然后做的RMSD。
不太清楚应该具体用哪一个，在后面才直接算了RMSD以及superimpose-RMSD都算了，前面的都先superimpose后再RMSD）

看以上的结果感觉RMSD比较大，想问问可以从哪方面来改进？

霜晨月

首先，你做的这两个对接都是所谓柔性对接——柔性配体对接，只不过libdock是刚性受体，flexdock是（半）柔性受体而已。
通常说的刚性对接即刚性配体对接，现在已经用得很少很少了。

其次，我个人对DS里面的那几个小分子对接工具都不是很满意，而LibDock恰好又是其中效果最差的（用来筛选ligand library，速度快，精度差）。
建议不妨尝试下CDOCKER，这是DS里面效果最好的，当然个人感觉它的效果还不是很理想。
免费软件里面AutoDock效果还不错，可以试试。

sobereva

免费的LeDock也可以考虑，使用简单，结果在一些测试中名列前茅

哈哈哈

sobereva 发表于 2019-9-13 07:08
免费的LeDock也可以考虑，使用简单，结果在一些测试中名列前茅

好的 谢谢老师 我还下了个autodock感觉用得挺多的 我当时就考虑autodock和ds都试试 看哪个好一点 我再试试看你说的这个

哈哈哈

霜晨月 发表于 2019-9-12 11:35
首先，你做的这两个对接都是所谓柔性对接——柔性配体对接，只不过libdock是刚性受体，flexdock是（半）柔 ...

好的 谢谢你 我去试试

哈哈哈

sobereva 发表于 2019-9-13 07:08
免费的LeDock也可以考虑，使用简单，结果在一些测试中名列前茅

老师您好，就是我使用ledock做对接时，相同条件下所产生的结果不同（活性盒子是在通过vmd产生的）。我觉得ledock以模拟退火和遗传算法交叉应该也有重现性哟。 我现在做的是为了检验对接的有效性，之后做药物改构要做对接， 现在的对接结果我不知道选什么参数来做之后的对接。用过ds(CDOCKER) autodock 做了，RMSD大于2，就现在做ledock有RMSD小于2的，想问问老师我下一步怎么做？

猴子好坏

薛定谔在这方面也很不错，我使用过autodock和薛定谔对接同样的pdb但最后还是薛定谔的更贴切真实数据，虽然autodock有拉马克算法但薛定谔的前期优化处理更省心呀

哈哈哈

猴子好坏 发表于 2019-11-5 14:24
薛定谔在这方面也很不错，我使用过autodock和薛定谔对接同样的pdb但最后还是薛定谔的更贴切真实数据，虽然a ...

谢谢你哈 暂时用这个吧 我比较了一下链这边几种软件都变化挺大的 环那边都重叠得比较好 我觉得应该是这边柔性大所以 我看文献里有的就直接呈现链这边重叠得不好 有的直接把链这边去掉了 我暂且这样吧 薛定谔之后去尝试下 感觉它可以做很多