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[分子对接] 用ds分子对接 刚性柔性对接RMSD值都大于2 想问有什么参数可改进

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发表于 2019-9-11 16:24:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师 就是我用DS 3.1 做分子对接 做药物的改构 首先验证对接模型的有效性
文件中 1xkk为晶体结构(晶体结构中小分子lapatinib有N-MET793氢键 F-THR790氢键)   ab-lapatinib为配体小分子 做对接时去除了配体小分子
先用的刚性对接libdock hotspots100     调活性的半径 最后觉得10的RMSD相对小一点
                                 然后半径为10   调hotspots     最后还是100 RMSD相对小一点
刚性对接中有N-MET793氢键 F没有

然后做了柔性对接flexible docking  hotspots100   半径10 以配体结合位点的原子(show ligand binding site atom)相应的残基为柔性残基  与lapatinib晶体结构差异大感觉两边是反着的
                                                 hotspots100   半径15 以配体结合位点的原子(show ligand binding site atom)相应的残基为柔性残基  与lapatinib晶体结构差异大

(其中RMSD是直接将打分最高的laptinib的结构和晶体结构放在一起做的RMSD superimpose-RMSD是直接将打分最高的laptinib的结构和晶体结构放在一起先superimpose然后做的RMSD。
不太清楚应该具体用哪一个,在后面才直接算了RMSD以及superimpose-RMSD都算了,前面的都先superimpose后再RMSD)

看以上的结果感觉RMSD比较大,想问问可以从哪方面来改进?

lap-ds.rar

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发表于 2019-9-12 11:35:35 | 显示全部楼层
首先,你做的这两个对接都是所谓柔性对接——柔性配体对接,只不过libdock是刚性受体,flexdock是(半)柔性受体而已。
通常说的刚性对接即刚性配体对接,现在已经用得很少很少了。

其次,我个人对DS里面的那几个小分子对接工具都不是很满意,而LibDock恰好又是其中效果最差的(用来筛选ligand library,速度快,精度差)。
建议不妨尝试下CDOCKER,这是DS里面效果最好的,当然个人感觉它的效果还不是很理想。
免费软件里面AutoDock效果还不错,可以试试。

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发表于 2019-9-13 07:08:04 | 显示全部楼层
免费的LeDock也可以考虑,使用简单,结果在一些测试中名列前茅
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 楼主| 发表于 2019-9-13 17:32:14 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-13 07:08
免费的LeDock也可以考虑,使用简单,结果在一些测试中名列前茅

好的 谢谢老师 我还下了个autodock感觉用得挺多的 我当时就考虑autodock和ds都试试 看哪个好一点 我再试试看你说的这个

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 楼主| 发表于 2019-9-13 17:34:09 | 显示全部楼层
霜晨月 发表于 2019-9-12 11:35
首先,你做的这两个对接都是所谓柔性对接——柔性配体对接,只不过libdock是刚性受体,flexdock是(半)柔 ...

好的 谢谢你 我去试试

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 楼主| 发表于 昨天 17:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 哈哈哈 于 2019-9-20 18:03 编辑
sobereva 发表于 2019-9-13 07:08
免费的LeDock也可以考虑,使用简单,结果在一些测试中名列前茅


老师您好,就是我使用ledock做对接时,相同条件下所产生的结果不同(活性盒子是在通过vmd产生的)。我觉得ledock以模拟退火和遗传算法交叉应该也有重现性哟。 我现在做的是为了检验对接的有效性,之后做药物改构要做对接, 现在的对接结果我不知道选什么参数来做之后的对接。用过ds(CDOCKER) autodock 做了,RMSD大于2,就现在做ledock有RMSD小于2的,想问问老师我下一步怎么做?

ledock.rar

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