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[GROMACS] 请教gromacs跑交联结构的建模问题

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新入门gromacs不太会建模,请问我在MS中交联好的结构可以直接导出PDB,然后用GMX跑吗?
如果可以,有一个问题就是我在ms中得到的结构,有个别交联剂是跨周期显示的(如图),这样有问题吗?需要做什么样的处理吗?

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发表于 Post on 2020-7-22 18:23:41 | 只看该作者 Only view this author
在gmx里跑关键是你得能得到与之对应的分子的itp文件,能得到就能跑
跨周期的比较麻烦。你可以先构造分子单体,然后用packmol建盒子,这样分子都在盒子里面。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-23 00:32:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-22 18:23
在gmx里跑关键是你得能得到与之对应的分子的itp文件,能得到就能跑
跨周期的比较麻烦。你可以先构造分子单 ...

谢谢老师解答,是我想的太简单了。
想再次请问老师,我做的聚合物晶胞里大概有3000原子(由一种重复单元构成,即AAAA...),力场OPLSAA,用什么方法能够比较好的转化或者构建成拓扑文件呢。

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发表于 Post on 2020-7-23 00:35:50 | 只看该作者 Only view this author
Minnie 发表于 2020-7-23 00:32
谢谢老师解答,是我想的太简单了。
想再次请问老师,我做的聚合物晶胞里大概有3000原子(由一种重复单元 ...

pdb2gmx即可。公社论坛首页google框搜索 pdb2gmx 聚合物 就能搜到,之前论坛里有很多讨论。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-23 02:44:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-23 00:35
pdb2gmx即可。公社论坛首页google框搜索 pdb2gmx 聚合物 就能搜到,之前论坛里有很多讨论。

谢谢老师,我再好好看看

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发表于 Post on 2024-7-26 20:09:23 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您最后怎么产生的itp文件,谢谢您

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