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[其它程序] 利用ligpargen建立了opls力场的模型,为什么力场参数是opls_800等开始的?

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利用ligpargen建立了opls力场的模型,为什么力场参数是opls_800等开始的?

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truffle

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发表于 Post on 2019-11-15 21:14:20 | 只看该作者 Only view this author
因为ligpargen会构建完整的参数文件,而不使用自带opls-aa力场的参数。自带opls-aa力场缺800段的参数,所以800开始就不和自带力场的原子命名冲突了。

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发表于 Post on 2019-11-16 12:38:13 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的标题“LigParGen”改了,以后务必注意,下次将扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-16 15:30:56 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-11-15 21:14
因为ligpargen会构建完整的参数文件,而不使用自带opls-aa力场的参数。自带opls-aa力场缺800段的参数,所以 ...

您好,可以详细的解释下吗?我没有太明白,我用乙烷去尝试,也是从800开始;除此之外,如果我用到gromacs去模拟,这样这些原子类型不就不能识别了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-16 15:47:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-16 12:38
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具 ...

好的,谢谢社长

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发表于 Post on 2019-11-17 14:31:43 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2019-11-16 15:30
您好,可以详细的解释下吗?我没有太明白,我用乙烷去尝试,也是从800开始;除此之外,如果我用到gromacs ...

打开得到的top你会看到,ligpargen给的文件里已经自带了参数信息了,包括其中涉及的原子类型的定义。把此文件include到主top文件里,再把[ atomtypes ]合并到opls-AA力场目录下的ffnonbonded.itp就可以用了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-19 10:26:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-17 14:31
打开得到的top你会看到,ligpargen给的文件里已经自带了参数信息了,包括其中涉及的原子类型的定义。把此 ...

好的,谢谢会长。

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