lammps进行nvt模拟结果诡异

Lacrimosa

如图，构建了一个固液体系进行模拟，力场参数和结构都是参照文献构建的，在模拟5ns后水分子跑出了盒子，想请教一下各位老师是哪儿出了问题。输入文件的参数如下：
    units               metal
    dimension           3
    boundary            p p p
    atom_style          full
    bond_style          harmonic
    angle_style         harmonic
    pair_style          hybrid/overlay lennard/mdf 9.0 10.0 coul/long 9.0
    kspace_style        ewald 0.3945
    thermo_style    custom step  time pe ke etotal enthalpy evdwl ecoul epair emol density
    thermo          1000
    timestep        0.001  #1fs
    fix fShakeSPCE spce shake 0.0001 10 0 b 2 a 2
    fix             1 all nve
    neighbor        2.0 bin
    fix             3 surface temp/rescale 200 300 300 0.5 0.2 #对固体表面控温
    fix             4 spce temp/rescale 200 300 300 0.5 0.2  #对水进行控温
   dump            1 all custom 1000 md.lammpstraj mol type x y z fx fy fz
   run_style       verlet            


   run             5000000                                                         
   write_data      md.data
   write_restart   md.rest
   unfix           1
   unfix           3
   unfix           4
   unfix           fShakeSPCE

fhh2626

只是显示的问题，不用担心，你可以试试用VMD 的pbc wrap命令（但不清楚是否能很好的支持lammps的轨迹文件），一般建议保存成DCD

Lacrimosa

fhh2626 发表于 2019-12-2 19:27
只是显示的问题，不用担心，你可以试试用VMD 的pbc wrap命令（但不清楚是否能很好的支持lammps的轨迹文件） ...

非常感谢!，确实是显示的问题...还想请教您一下,使用pbc wrap之后键的连接会出问题,用vmd可以解决吗? 还是用gmx的trjconv指令来处理呢?

fhh2626

Lacrimosa 发表于 2019-12-2 23:03
非常感谢!，确实是显示的问题...还想请教您一下,使用pbc wrap之后键的连接会出问题,用vmd可以解决吗? 还 ...

用dynamic bonds的显示方式，配合VDW

Lacrimosa

fhh2626 发表于 2019-12-2 23:43
用dynamic bonds的显示方式，配合VDW

谢谢老师指导

灰天皮匠

想请问下楼主为什么要用temp/rescale控温？之前看到有说这种控温方法不太好。

Lacrimosa

灰天皮匠 发表于 2019-12-3 14:52
想请问下楼主为什么要用temp/rescale控温？之前看到有说这种控温方法不太好。

见http://bbs.keinsci.com/thread-15360-1-1.html