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[Gaussian/gview] 如何从IRC输出文件中读出各个原子电子云或者分子的电荷分布的变化?

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如题。

小白只会看IRC path 中 各个原子间距、角度等随着质权坐标的变化,而不知道能否看到分子的电荷分布或者某几个原子周围的电荷分布随质权坐标的变化情况。不知道IRC的输出文件中哪里能看见呢?


谢谢!

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发表于 Post on 2019-12-3 08:41:31 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/199 产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
参考这篇博文能分析IRC每个点的波函数。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-3 20:45:22 | 只看该作者 Only view this author
好的谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-3 23:08:07 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2019-12-3 08:41
http://sobereva.com/199 产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
参考这篇博文能分析IRC每 ...

没有对Gaussian运行环境进行配置。
进入 系统-高级系统设置-环境变量,把Gaussian的目录添加进用户的PATH环境变量,并新建GAUSS_EXEDIR环境变量,内容也定义为Gaussian的目录(如D:\study\g09w)。
之后,双击那个bat文件,出现的是:

Search path GAUSS_EXEDIR is ""
: No such file or directory
Calculation of eleNA0006.gjf failed at 2019/12/03 周二 23:05:31.90
Calculating eleNA0007.gjf...
No executable for file l1.exe.

不知道是哪里出问题了呢。

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发表于 Post on 2019-12-3 23:18:27 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-3 23:08
没有对Gaussian运行环境进行配置。
进入 系统-高级系统设置-环境变量,把Gaussian的目录添加进用户的PAT ...

建议把你改完环境变量的截图,你的Gaussian安装的文件夹和路径截图都发上来,应该配置错了。

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发表于 Post on 2019-12-4 05:15:37 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-3 23:08
没有对Gaussian运行环境进行配置。
进入 系统-高级系统设置-环境变量,把Gaussian的目录添加进用户的PAT ...

明显是GAUSS_EXEDIR环境变量没生效
重启机子,如果还不行,说明没改对位置
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 08:30:59 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-3 23:18
建议把你改完环境变量的截图,你的Gaussian安装的文件夹和路径截图都发上来,应该配置错了。

解决了,就是把GAUSS输入成了GAUSSIAN了。。。

谢谢提醒!

不过感觉计算的速度很慢啊。

问题.PNG (57.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

问题.PNG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 08:32:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-4 05:15
明显是GAUSS_EXEDIR环境变量没生效
重启机子,如果还不行,说明没改对位置

嗯嗯,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 12:14:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-4 05:15
明显是GAUSS_EXEDIR环境变量没生效
重启机子,如果还不行,说明没改对位置

那为什么双击了那个bat文档之后,并没有实现批量计算呢?虽然命令提示符里面还在显示calculating  ...gjf,但是我看到0001的out文件中已经出现normal termination了。0002并没有接着再算。这是不是有什么问题呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-4 12:28:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-4 05:15
明显是GAUSS_EXEDIR环境变量没生效
重启机子,如果还不行,说明没改对位置

如果出了一点问题的话,如何让后台停止运行啊?
需要在哪输入什么指令呢?

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发表于 Post on 2019-12-5 12:49:08 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-4 12:14
那为什么双击了那个bat文档之后,并没有实现批量计算呢?虽然命令提示符里面还在显示calculating  ...gjf ...

学点dos批处理脚本常识,自然就知道怎么回事了,仔细看
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6
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发表于 Post on 2019-12-5 12:49:15 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-4 12:28
如果出了一点问题的话,如何让后台停止运行啊?
需要在哪输入什么指令呢?

直接关了窗口
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Kellyyyy 发表于 2019-12-4 08:30
解决了,就是把GAUSS输入成了GAUSSIAN了。。。

谢谢提醒!

如果输入文件里没写用的核数,默认用单核,除非你把含有-P-的Default.Rou文件放到当前目录,这样才会在计算过程中被读取
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-9 11:56:08 | 只看该作者 Only view this author
哦哦,谢谢。
就是算出来的结果出现error:
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.0000,   after     0.0000

这是怎么回事呢?

另外输出的文件可以直接用VMD打开吗?
为什出现这样的情况呢?


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发表于 Post on 2019-12-9 13:39:02 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-12-9 11:56
哦哦,谢谢。
就是算出来的结果出现error:
Annihilation of the first spin contaminant:

首先说一句,路径反斜线\会被转义,应该写两个\代表\。
VMD当然不能直接读Gaussian私有的二进制文件。想用vmd看轨道用formchk把chk转成fch(k)文件,用Multiwfn主功能200自功能3导出想看轨道的格点文件cub,用VMD载入或者直接用Multiwfn附带文件里的showorb.vmd或者showcub.vmd脚本加载。

本版积分规则 Credits rule

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