蛋白质体系RMSD结果曲线异常

xiaoai · 发表于 Post on 2024-6-13 22:40:40

我使用的图二的体系蛋白质体系没有配体进行动力学模拟没有报错但趋势与正常不同。结果图如图一rmsd越来越低。之前用自己的蛋白质配体体系做出来RMSD也是一样。请问各位老师这可能是什么原因造成

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-6-14 00:31:24

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-6-14 00:32 编辑

光看RMSD曲线看不出什么，看轨迹文件检查RMSD突变的前后几帧结构发生了什么变化，然后再判断原因。
另外判断结构稳定性的话RMSD通常计算的是Backbone而不是整个蛋白

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[GROMACS] 蛋白质体系RMSD结果曲线异常