求助，如何使用cpptraj拟合受体，计算配体的RMSD

惊魂十四日

我在使用Amber计算分子动力学模拟后，想进行分析，看看配体相对于受体是如何运动的，我原来在gromacs中做这类工作时，写一个index，定义配体和受体的Ca即可。因为gromacs在计算RMSD的时候是需要你手动选择拟合的对象。我今天在使用cpptraj计算RMSD的时候，发现它也是这样的，需要定义参考结合和目标结构，可是当我在命令中写如参考和目标的残基范围后，运行又会报错，我找了很久都没有找到解决方法，站上原来也有人问过这个问题，结果人家回复是转成gromacs.....。


我的命令如下
parm complex_solvated.prmtop #读取拓扑
trajin complex_md1.mdcrd # 读取轨迹
rmsd Topeptide first :72-78@CA first :1-71@CA out fit.xvg #使用轨迹的第一帧作为参考结构
go

输出：
  1: [rmsd first :72-78@CA :1-71@CA out fit.xvg]
        Target mask: [:72-78@CA](7)
        Reference topology: complex_solvated.prmtop
        Reference mask: [:1-71@CA](71)
Warning: Number of atoms in target mask (7) does not equal
Warning:   number of atoms in reference mask (71).
Warning: Setup incomplete for [rmsd]: Skipping
结果就是什么都没有输出

关于参考结构的问题，我也考虑过，读取单独的受体和单独的配体作为参考，都会报错，cpptraj提示需要原子数量相等才能进行计算，请问大伙有没有方法解决这个问题

Serious

1）“看看配体相对于受体是如何运动的”：我不太理解。。但输出rmsd可以这样写cpptraj的命令：
parm complex_solvated.prmtop
trajin complex_md1.mdcrd
rms backbone :1-71@CA,C,N out bb_rms.txt # 假设1-71为蛋白
rms lig :72-78 nofit out lig_rms.txt #假设72-78为配体
run
2）rms会改变坐标，“rms backbone”对蛋白主链align输出rmsd值（同理，可以对某部分align），“rms lig”在align的基础上输出lig的rmsd值，也许是你需要的“看看配体相对于受体是如何运动的”。。？

惊魂十四日

Serious 发表于 2023-9-25 22:05
1）“看看配体相对于受体是如何运动的”：我不太理解。。但输出rmsd可以这样写cpptraj的命令：
parm compl ...

感谢您的回复，所以重点是要先align 受体，然后使用这个align的结果，做RMS，那我直接用align 命令做受体的对齐，然后再计算rmsd, 这样可以吗

Serious

惊魂十四日 发表于 2023-9-26 11:46
感谢您的回复，所以重点是要先align 受体，然后使用这个align的结果，做RMS，那我直接用align 命令做受体 ...

1）可以；
2）注意计算配体的rmsd时加上nofit，就不会算best-fit的rmsd，详情看AMBER手册；另外推荐输出几个结构看看是否符合需求。。