能量最小化失败，麻烦大家看一下什么原因导致的

milk_q · 发表于 Post on 2024-12-9 17:18:35

1、使用chemdraw构建分子结构，chem3D可视化，并保存为pdb、.mol2格式
2、GFN2-xTB优化，得到xtbopt.xyz，charges、
3、multiwfn计算RESP，sobtop生成拓扑文件，基于Amber GAFF
4、搭建盒子，加入25个分子，填充spc216水模型，执行能量最小化
最小化报错：
Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in 18 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy = -1.1768061e+07
Maximum force = 1.8125794e+05 on atom 16366
Norm of force = 7.9638007e+02

下面是结构文件和参数文件，麻烦大家看一下什么原因导致的

snljty2 · 发表于 Post on 2024-12-9 18:32:24

这不是报错。如果MD后面能跑起来，就直接跑。如果不能，可以尝试用双精度版本再做一点儿能量极小化。

milk_q · 发表于 Post on 2024-12-9 18:45:28

snljty2 发表于 2024-12-9 18:32
这不是报错。如果MD后面能跑起来，就直接跑。如果不能，可以尝试用双精度版本再做一点儿能量极小化。

好的谢谢您

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