计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1256|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 如何处理蛋白小分子体系周期性

[复制链接 Copy URL]

15

帖子

0

威望

384

eV
积分
399

Level 3 能力者

我将小分子随机放在有蛋白的水盒子里。我用-pbc mol和-pbc nojump处理完轨迹后,蛋白能够保持完整,但是小分子却一直处在水盒子外部。请问这种情况我应该如何处理周期性使得蛋白和小分子的轨迹都保持完整呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-12-22 16:37:49 | 只看该作者 Only view this author
截图说明处在外部具体是什么情况。
边界处的小分子若保持完整,必然有原子处在外部。问题是矛盾的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

384

eV
积分
399

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-23 16:09:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 16:37
截图说明处在外部具体是什么情况。
边界处的小分子若保持完整,必然有原子处在外部。问题是矛盾的

非常感谢老师的回复,以下是我的情况,中间黄色的是蛋白,两边红色的是小分子。我是先用-pbc mol处理后再-pbc nojump得到的轨迹。D:\AD-docking\pbc.png

pbc.png (13.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

pbc.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-12-24 01:16:26 | 只看该作者 Only view this author
clare 发表于 2023-12-23 16:09
非常感谢老师的回复,以下是我的情况,中间黄色的是蛋白,两边红色的是小分子。我是先用-pbc mol处理后再 ...

我不知道你所谓的“完整”是什么意思
如果在盒子范围里才叫完整,显然不能用nojump
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

384

eV
积分
399

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-28 09:56:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-24 01:16
我不知道你所谓的“完整”是什么意思
如果在盒子范围里才叫完整,显然不能用nojump

老师,我是在用mol处理后蛋白会在水盒子两边跳跃,所以再用nojump处理。使用nojump后蛋白不会在盒子两端跳跃,轨迹保持连续,但是小分子会距离蛋白很远。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-12-28 10:03:57 | 只看该作者 Only view this author
clare 发表于 2023-12-28 09:56
老师,我是在用mol处理后蛋白会在水盒子两边跳跃,所以再用nojump处理。使用nojump后蛋白不会在盒子两端 ...

弄清楚是PBC的原因还是实际中本来就脱离了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

384

eV
积分
399

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-28 10:43:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-28 10:03
弄清楚是PBC的原因还是实际中本来就脱离了

老师,是pbc的原因,我的小分子在初始时就是随机放在盒子里的。我在看未处理的原始轨迹时,发现小分子在一些时刻是可以结合在蛋白上的,但是用nojump处理完后,轨迹的整个过程小分子都和蛋白距离很远。距离远到超出了盒子大小。

206

帖子

0

威望

1153

eV
积分
1359

Level 4 (黑子)

终身学习

8#
发表于 Post on 2023-12-28 16:37:44 | 只看该作者 Only view this author
clare 发表于 2023-12-28 09:56
老师,我是在用mol处理后蛋白会在水盒子两边跳跃,所以再用nojump处理。使用nojump后蛋白不会在盒子两端 ...

用-center 把蛋白放在盒子中间看?
Open source enables open science.

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2023-12-29 04:36:33 | 只看该作者 Only view this author
clare 发表于 2023-12-28 10:43
老师,是pbc的原因,我的小分子在初始时就是随机放在盒子里的。我在看未处理的原始轨迹时,发现小分子在 ...

肯定中途失去了结合
如果配体一直和蛋白质处于结合状态,nojump之后肯定还是结合在一起运动出盒子的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

975

eV
积分
1004

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2023-12-29 10:12:49 | 只看该作者 Only view this author
先-pbc nojump输出system,再-fit rot+trans叠合蛋白backbone输出复合物

15

帖子

0

威望

384

eV
积分
399

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-29 14:58:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-29 04:36
肯定中途失去了结合
如果配体一直和蛋白质处于结合状态,nojump之后肯定还是结合在一起运动出盒子的

是的老师,中途小分子是会离开蛋白进入溶剂中。所以不清楚这种情况要如何处理周期性。

15

帖子

0

威望

384

eV
积分
399

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-2 16:24:15 | 只看该作者 Only view this author
LiuSX 发表于 2023-12-29 10:12
先-pbc nojump输出system,再-fit rot+trans叠合蛋白backbone输出复合物

非常感谢您的建议,我尝试过后发现还是不行。蛋白固定了,但是小分子依旧无法像未处理周期性一样在蛋白表面停留并离开,而是一直和蛋白保持较远距离。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 14:48 , Processed in 0.219666 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list