如何得到DNA分子片段笛卡尔坐标

三三33 · 发表于 Post on 2020-4-17 12:09:28

老师们好，最近需要对一个双链DNA分子进行结构优化但是不知道如何用GaussView画DNA分子，无法得到gjf文件和笛卡尔坐标，求帮组，谢谢大家

ABetaCarw · 发表于 Post on 2020-4-17 12:27:28

推荐使用HyperChem绘制

函数与激情 · 发表于 Post on 2020-4-17 12:31:54

Amber的NAB也可以构建DNA，输入DNA序列即可 https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial1/section2.htm

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-17 12:51:02

NAB是ambertools中的组件，最简单的运行方式为nab test.nab -o test.out，这里test.nab是NAB程序的输入文件，nab就像编译器一样编译出test.out可执行程序，然后./test.out即可。用NAB创建DNA序列的输入文件为
molecule m;
m = bdna( "gcgttaacgc" );
putpdb( "gcg10.pdb", m );
运行这个程序后就得到了gcg10.pdb。

还可以用Gabedit、Avogadro中的build-Insert-DNA/RNA、在线工具http://web.x3dna.org/、在线工具http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp

biogon · 发表于 Post on 2020-4-17 12:57:46

用阿伏伽德罗可以按序列生成DNA结构

三三33 · 发表于 Post on 2020-4-18 10:40:15

biogon 发表于 2020-4-17 12:57
用阿伏伽德罗可以按序列生成DNA结构

谢谢您，十分感谢

三三33 · 发表于 Post on 2020-4-18 10:41:56

sobereva 发表于 2020-4-17 12:51
NAB是ambertools中的组件，最简单的运行方式为nab test.nab -o test.out，这里test.nab是NAB程序的输入文件 ...

谢谢老师，感谢您

三三33 · 发表于 Post on 2020-4-18 10:42:19

函数与激情发表于 2020-4-17 12:31
Amber的NAB也可以构建DNA，输入DNA序列即可 https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial1/section2.htm

谢谢老师，感谢您

三三33 · 发表于 Post on 2020-4-18 10:42:54

ABetaCarw 发表于 2020-4-17 12:27
推荐使用HyperChem绘制

谢谢老师，感谢您

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[新手求助] 如何得到DNA分子片段笛卡尔坐标