关于MP2优化过渡态时的报错问题

小李子赛 · 发表于 Post on 2020-3-24 21:45:13

我在优化过渡态时，总是出现这个错误，

输入文件和输出文件上传了，请各位老师、同学帮忙看一下，非常感谢

MO basis two electron integral derivatives will not be stored on disk.
IAlg= 3 DoFC=T DoPWx=T Debug=F.
Frozen-core window:  NFC=  15 NFV= 0.
Reordered first order wavefunction length = 248162202
In DefCFB: NBatch=  1 ICI= 39 ICA=168 LFMax= 28
         Large arrays: LIAPS=          0 LIARS=  1544332608 words.
In StABat: MaxSiz= 69 MinSiz= 55 NAtomB=  4
DoIAMN: NPSUse=  1.
Illegal file or unit passed to FileIO.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=    0 Len=    4327680 IPos=          0 Q=       718463448

dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 101 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =  1869599232 FType=2 FMxFil=10000

Number          0       0       0       0       0       0       0       22
Base    70239004    680960 5110272 3744256 68704256    426496 1869061120 5289984
End    70239232    809984 5202944 3830272 68959744    444416 1869599232 15560985
End1    70239232    809984 5202944 3830272 68959744    444416 1869599232 15561216
Wr Pntr 70239004    680960 5110272 3744256 67195904    426496 70239004 5289984
Rd Pntr 70239004    680960 5110272 3744256 67195904    426496 70239004 15560985
Length       228    129024    92672    86016    255488    17920    538112 10271001

Number       23       24       501       502       503       507       508       511
Base    15561216 57140224    23552    41472    96256    97280    118272    100864
End    57140208 67001908    24552    43834    96271    97319    118287    100910
End1    57140224 67002368    24576    44032    96768    97792    118784    101376
Wr Pntr 57140208 57140224    23552    41472    96256    97280    118272    100864
Rd Pntr 57140208 67001908    23552    41472    96256    97280    118272    100864
Length 41578992 9861684    1000    2362       15       39       15       46

Number       512       514       515       516       517       518       520       521
Base       114176    271872    186368    122368    399872    335872    120832    112128
End       114287    293193    271652    186331    400696    399835    120837    112163
End1       114688    293376    271872    186368    400896    399872    121344    112640
Wr Pntr    114176    271872    186368    122368    399872    335872    120832    112128
Rd Pntr    114176    271872    186368    122368    399872    335872    120832    112128
Length       111    21321    85284    63963       824    63963       5       35

Number       522       523       524       526       528       530       532       534
Base       401408    400896    444928    487424    529920    551424    573952    401920
End       401820    401308    487364    529860    551241    572745    595273    423241
End1       401920    401408    487424    529920    551424    572928    595456    423424
Wr Pntr    401408    400896    444928    487424    529920    551424    573952    401920
Rd Pntr    401820    400896    487364    529860    529920    551424    573952    401920
Length       412       412    42436    42436    21321    21321    21321    21321

Number       536       538       540       545       547       548       549       551
Base       637952    659456    595456    423936    424960    831488    916480    111104
End       659273    680777    637892    423950    425372    916360    958916    111129
End1       659456    680960    637952    424448    425472    916480    958976    111616
Wr Pntr    637952    659456    595456    423936    424960    831488    916480    111104
Rd Pntr    637952    659456    595456    423950    424960    831488    916480    111104
Length    21321    21321    42436       14       412    84872    42436       25

Number       552       559       562       563       564       565       569       571
Base       110080    115200    104448    572928    573440    117760    423424    809984
End       110096    115201    109923    573031    573543    117792    423425    831305
End1       110592    115712    110080    573440    573952    118272    423936    831488
Wr Pntr    110080    115200    104448    572928    573440    117760    423424    809984
Rd Pntr    110080    115200    104448    572928    573440    117760    423424    809984
Length       16       1    5475       103       103       32       1    21321

Number       575       577       579       580       581       582       583       584
Base       98304    116736    110592    114688    117248    116224    115712    118784
End       100524    116762    110594    114913    117383    116533    115715    118808
End1       100864    117248    111104    115200    117760    116736    116224    119296
Wr Pntr    98304    116736    110592    114688    117248    116224    115712    118784
Rd Pntr    98304    116736    110592    114688    117248    116224    115712    118784
Length       2220       26       2       225       135       309       3       24

Number       585       588       589       590       591       592       593       594
Base       425984 2591744 2655744 3104256 67002368 68959744 69599374 3830272
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End1       426496 2655744 3104256 3744256 67195904 69599374 70239004 4470272
Wr Pntr    425984 2591744 2655744 3104256 67002368 68959744 69599374 3830272
Rd Pntr    425984 2591744 2655744 3104256 67002368 68959744 69599374 4469902
Length       78    63963    448350    639630    193455    639630    639630    639630

Number       596       598       603       605       606       607       619       631
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Wr Pntr 4470272    44032    121344    121856    444416    424448    119296 2387968
Rd Pntr 5109902    44032    121344    121856    444416    424448    119296 2387968
Length    639630       2       1       1       206       206       629    143950

Number       634       651       656       657       658       665       670       674
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Wr Pntr 5202944 73284856 2532352 70239232    958976    96768    112640    97792
Rd Pntr 5202944 72011776 2532352 70239232    958976    96768    113885    97792
Length    86646 1273080    59078 1772340 1428864       54    1245       44

Number       685       694       695       698       701       989       991       992
Base       293376    425472    120320    111616    101376    24576    37888    37376
End       335812    425884    120472    111640    103981    37076    41169    37381
End1       335872    425984    120832    112128    104448    37376    41472    37888
Wr Pntr    293376    425472    120320    111616    101376    24576    37888    37376
Rd Pntr    293376    425472    120320    111616    101376    24576    41169    37381
Length    42436       412       152       24    2605    12500    3281       5

Number       993       994       995       996       997       998       999    9994
Base       23040    20480    22528    21504    22016    20992    44544  324728320
End       23140    20510    22538    21604    22125    21192    95796 1869060928
End1       23552    20992    23040    22016    22528    21504    96256 1869061120
Wr Pntr    23040    20480    22528    21504    22016    20992    44544 1143070297
Rd Pntr    23140    20510    22538    21604    22121    21192    45796  361778480
Length       100       30       10       100       109       200    51252 1544332608

Number       9995    9996    9997    9998    9999
Base    323219968  322333696  321447424 73285120 67195904
End    324727888  323219866  322333594  321447322 68703824
End1    324728320  323219968  322333696  321447424 68704256
Wr Pntr  324727888  323219866  322333594  321447322 68703824
Rd Pntr  324113008  322333696  321447424 73285120 68703824
Length    1507920    886170    886170  248162202 1507920

dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    7 SizExt =       0 WInBlk =    512
               defal = F LstWrd =    152064 FType=2 FMxFil=10000

Number          0       508       522       536       538       634       998
Base       150395    20480    20695    107753    129074    21107    20495
End       152064    20495    21107    129074    150395    107753    20695
End1       152064    20495    21107    129074    150395    107753    20695
Wr Pntr    150395    20480    20695    107753    129074    21107    20495
Rd Pntr    150395    20480    20695    107753    129074    21107    20495
Length       1669       15       412    21321    21321    86646       200

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =    1 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    67072 FType=2 FMxFil=10000

Number          0
Base       20480
End       67072
End1       67072
Wr Pntr    20480
Rd Pntr    20480
Length    46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-25 15:00:31

MP2的导数、振动分析对内存和硬盘的消耗都非常大，只拿个windows版Gaussian就跑这个，出现这种问题并不奇怪。

另外，对这个体系用MP2做优化完全是费力不讨好。精度甚至还不如便宜得多的多的普通泛函，而耗时和资源消耗量却和精度好的多得多的双杂化泛函基本持平。该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

对当前计算加弥散函数也毫无意义，纯粹白浪费时间，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

另外注意看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html）

即便要求准确的优化和振动分析结果，用B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP也绝对绰绰有余了，不仅远比你当前用的级别便宜，而且精度还好得多，还省得写混合基组的麻烦。如果这还算不动，基组降低到def-TZVP。

小李子赛 · 发表于 Post on 2020-3-26 18:10:29

谢谢老师的指点。

小李子赛 · 发表于 Post on 2020-3-28 12:22:50

sobereva 发表于 2020-3-25 15:00
MP2的导数、振动分析对内存和硬盘的消耗都非常大，只拿个windows版Gaussian就跑这个，出现这种问题并不奇怪 ...

老师，我按照您给的方法基组进行计算时，发现总是报语法错误，这个问题很幼稚，但是我试了一天实在是找不出来哪里写错了

，希望老师帮我看看。
%chk=TS31-30.chk
%mem=1200mb
#p B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP opt=(ts,calcfc,noeigen) freq

Title Card Required

Gaussian 09:  IA32W-G09RevB.01 12-Aug-2010
            28-Mar-2020
******************************************
%chk=TS31-30.chk
%mem=1200mb
-------------------------------------------------------
#p B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP opt=(ts,calcfc,noeigen) freq
-------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP opt=(ts,calcf
'
Last state="GCL"
TCursr= 1177 LCursr= 3
Error termination via Lnk1e in d:\learning\gaussian09\l1.exe at Sat Mar 28 11:56:26 2020.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    1 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

snljty · 发表于 Post on 2020-3-28 12:31:39

本帖最后由 snljty 于 2020-3-28 12:33 编辑

小李子赛发表于 2020-3-28 12:22
老师，我按照您给的方法基组进行计算时，发现总是报语法错误，这个问题很幼稚，但是我试了一天实在是找不 ...

看看手册，色散校正显然不是这么用的，至少在G16中带了BJ阻尼D3的B2PLYP关键词就叫B2PLYPD3。对于普通泛函比如B3LYP，加色散校正的写法是额外写EmpiricalDiepersion=GD3BJ
def2系列基组Gaussian里也不这么写，def2-TZVP写作def2TZVP。这种关键词的问题试来试去之前可以先看看手册。

小李子赛 · 发表于 Post on 2020-3-28 17:44:15

嗯嗯，谢谢老师。

小李子赛 · 发表于 Post on 2020-4-15 12:45:00

sobereva 发表于 2020-3-25 15:00
MP2的导数、振动分析对内存和硬盘的消耗都非常大，只拿个windows版Gaussian就跑这个，出现这种问题并不奇怪 ...

老师，由于高斯版本为03，不支持双杂化泛函，我看了您的博文，对于我的体系我用M06-2X，B3LYP这两种计算方法可以吗？我讨论的是稀有气体原子与其他原子的成键方式。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-4-15 12:52:47

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-4-15 13:58 编辑

小李子赛发表于 2020-4-15 12:45
老师，由于高斯版本为03，不支持双杂化泛函，我看了您的博文，对于我的体系我用M06-2X，B3LYP这两种计算 ...

你上面输出文件明明显示的是G09B01，怎么又变成03了？
G09B是有B2PLYP的。

G09B不支持D3，但是D2还是可以的，比如B2PLYP加D2写作B2PLYPD

小李子赛 · 发表于 Post on 2020-4-15 14:19:36

hebrewsnabla 发表于 2020-4-15 12:52
你上面输出文件明明显示的是G09B01，怎么又变成03了？
G09B是有B2PLYP的。

上面用的是我电脑算的，电脑上装的是09版本的软件，我们实验室的服务器是03，因为体系比较大，用电脑算比较费劲，平时基本都用实验室的服务器。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-4-15 14:52:14

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-4-15 15:04 编辑

小李子赛发表于 2020-4-15 14:19
上面用的是我电脑算的，电脑上装的是09版本的软件，我们实验室的服务器是03，因为体系比较大，用电脑算比 ...

G03不支持任何形式的DFT-D, 也没有M06-2X，比较难办。
为什么不装个G09或者G16呢（实在不行ORCA也好啊）

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-16 13:26:38

小李子赛发表于 2020-4-15 12:45
老师，由于高斯版本为03，不支持双杂化泛函，我看了您的博文，对于我的体系我用M06-2X，B3LYP这两种计算 ...

显然不能用B3LYP，仔细看这些了解基本常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

虽然G03的后期版本有M05-2X、B97D基本可以用来算弱相互作用，但可能被一些审稿人嫌弃。如果没有G09、G16版权，建议用ORCA。非要用G03就用我说的那两个（注意对于M05-2X需要至少加上int=ultrafine）

小李子赛 · 发表于 Post on 2020-4-19 11:34:13

sobereva 发表于 2020-3-25 15:00
MP2的导数、振动分析对内存和硬盘的消耗都非常大，只拿个windows版Gaussian就跑这个，出现这种问题并不奇怪 ...

sob 老师对于我现在这个体系计算势能面，以及CDA时，用def2-tzvp 够用吗（其中有比较大的原子54号，或者86号原子）

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-19 20:45:09

小李子赛发表于 2020-4-19 11:34
sob 老师对于我现在这个体系计算势能面，以及CDA时，用def2-tzvp 够用吗（其中有比较大的原子54号，或者8 ...

够

小李子赛 · 发表于 Post on 2020-4-19 21:09:45

sobereva 发表于 2020-4-19 20:45
够

谢谢老师

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[Gaussian/gview] 关于MP2优化过渡态时的报错问题

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