如何生成分子动力学模拟轨迹在可视化软件上生成动画？

文海南路

如何生成分子动力学模拟轨迹在可视化软件上生成动画？
我提取了每1ns下的pdb文件，想要制作一个MD动画，该如何制作呢？

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Amber轨迹动画制作”改了，以后务必注意

sobereva

如果真希望每1ns作为动画的一帧得到动画文件，把产生的pdb文件合并成多帧pdb文件，作为轨迹载入到VMD里，按我培训班的ppt弄成动画



更好的做法是VMD载入轨迹时直接设stride，做到恰好1ns载入一帧

snljty2

按照楼上卢老师的做法获得保存到指定文件夹的截图后，也可以用这个脚本。

1. #! /usr/bin/env python3
   
2. 
   
3. import imageio
   
4. import os, sys
   
5. import argparse
   
6. 
   
7. parser = argparse.ArgumentParser(description = "Convert all bmp files to a gif animation.")
   
8. 
   
9. parser.add_argument("--duration", type = float, default = 0.1, help = "Duration of each frame")
   
10. parser.add_argument("--reverse", type = bool, default = False, help = "Whether reverse the animation or not")
    
11. parser.add_argument("--loop", type = int, default = 1, help = "Loop how many times, 0 for infinite")
    
12. parser.add_argument("--output", type = str, default = "out.gif", help = "Output file name")
    
13. 
    
14. args = parser.parse_args()
    
15. 
    
16. images = [imageio.imread(filename) for filename in sorted((fn for fn in os.listdir(".") if fn.endswith(".bmp")), reverse = args.reverse)]
    
17. imageio.mimsave(args.output if args.output.endswith(".gif") else ".".join([args.output, "gif"]), images, duration = args.duration, loop = args.loop)

复制代码

另外，获得截图也可以在VMD用类似这样的Tcl命令。

1. set stepsize 5 # snapshot every 5 frames
   
2. for { set i 0 } { $i < [molinfo top get numframes] } { incr i $stepsize } {
   
3.     animate goto $i
   
4.     render snapshot [format "%05d" $i].bmp
   
5. }
   

复制代码

文海南路

sobereva 发表于 2022-6-17 16:03
如果真希望每1ns作为动画的一帧得到动画文件，把产生的pdb文件合并成多帧pdb文件，作为轨迹载入到VMD里，按 ...

谢谢老师的回答，发帖我以后会注意的

文海南路

snljty2 发表于 2022-6-17 16:39
按照楼上卢老师的做法获得保存到指定文件夹的截图后，也可以用这个脚本。

感谢大神的帮助

lxhpdx

sobereva 发表于 2022-6-17 16:03
如果真希望每1ns作为动画的一帧得到动画文件，把产生的pdb文件合并成多帧pdb文件，作为轨迹载入到VMD里，按 ...

老师，我使用ffmpeg生成轨迹的视频时生成的video.mp4,打不开。
ffmpeg -r 60 -i C:\Users\a1756\Desktop\new\untitled.%5d.bmp -crf 22 C:\Users\a1756\Desktop\new\video.mp4

sobereva

lxhpdx 发表于 2024-6-4 21:15
老师，我使用ffmpeg生成轨迹的视频时生成的video.mp4,打不开。
ffmpeg -r 60 -i C:%users\a1756\Desktop ...

视频观看程序有问题，缺解码器之类