生成CGenFF力场文件并转换成gromacs格式的问题

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-6-7 10:05:43

根据这个帖子（http://sobereva.com/266）学习了一下先是用Gview生成了小分子的.mol2文件，上传到（https://cgenff.paramchem.org）网站上生成了对应的.str文件。最后用python脚本转完格式。为什么生成的.pdb文件结构有问题呢？是哪一步出错了吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-6-9 17:16:26

我没有记错的话用CHARMM-GUI可以直接生成GMX格式的输入文件

shayulajiao · 发表于 Post on 2020-6-11 16:10:23

要把这几个文件中的Molecule Name改成你自己的分子名称

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-6-19 20:57:32

好的，感谢两位老师回复，已经解决了

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[GROMACS] 生成CGenFF力场文件并转换成gromacs格式的问题

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