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[新手求助] 用gaussian计算结构优化,60个原子,包含92U原子,求最佳计算方法和基组。

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本帖最后由 丨小桉柠 于 2020-8-17 18:34 编辑

计算结构优化,求推荐比较适合的计算方法和基组。
U原子加雁势,这样添加相对论效应。试过SDD雁势,
其他的原子用过6-31G(d)   6-311G**基组。
def2-TZVP < def2-TZVPP ≈ pcseg-2 正在用着三个基组计算,时间有点长。
计算资源nodes=2:ppn=20,因为不懂还是用过nodes=4:ppn=40也能用。




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发表于 Post on 2020-8-10 12:39:42 | 只看该作者 Only view this author
高斯不要跨节点并行,效率比较低

认真阅读: 谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-10 12:42:20 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2020-8-10 12:39
高斯不要跨节点并行,效率比较低

好的,谢谢。那节点设置为1,是不是核数越大算的越快?还有单个节点的核数是不是受计算机限制呀?

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发表于 Post on 2020-8-10 12:48:01 | 只看该作者 Only view this author
丨小桉柠 发表于 2020-8-10 12:42
好的,谢谢。那节点设置为1,是不是核数越大算的越快?还有单个节点的核数是不是受计算机限制呀?

是,是

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-10 12:54:32 | 只看该作者 Only view this author

好。十分感谢。

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发表于 Post on 2020-8-11 06:35:42 | 只看该作者 Only view this author
没有特殊前提的情况下,U用SDD,其它用6-31G*,更好点用6-311G*。泛函用PBE0-D3(BJ)
是赝势不是雁势
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-16 15:41:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-11 06:35
没有特殊前提的情况下,U用SDD,其它用6-31G*,更好点用6-311G*。泛函用PBE0-D3(BJ)
是赝势不是雁势

十分感谢老师的指导。赝势,之前是输入法找不到先用雁代替了一下。

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发表于 Post on 2020-8-16 22:54:30 | 只看该作者 Only view this author
看你这个结构是个盐,实验应该是在介电常数相对比较高的溶剂里做的吧?记得考虑溶剂效应
另外如果实验用的溶剂里ClO4-会完全电离开,那么去掉ClO4-单算那个阳离子会比较靠谱,结构优化收敛也会快一些
再就是不知道这个体系是不是强相关体系,留意一下DFT的HOMO-LUMO gap,如果特别小的话,说明可能是强相关体系,DFT结果未必靠谱
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-17 15:29:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-8-16 22:54
看你这个结构是个盐,实验应该是在介电常数相对比较高的溶剂里做的吧?记得考虑溶剂效应
另外如果实验用的 ...

感谢指导,由于我是新人,我还需要具体研究一下,对一些概念还不是很清楚。我还需要补一补。老师的建议我会认真考虑一下。

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