振動光譜可否拆解？

sdd3390 · 发表于 Post on 2020-6-22 19:55:05

各位好

假設我有A和B兩個分子
我想比較在沒有A分子時和A分子靠近B分子時 B分子振動光譜的變化
因為Gaussian在計算振動光譜時是A和B同時計算
有辦法將計算出的振動光譜拆解成A分子和B分子分別的貢獻嗎?

biogon · 发表于 Post on 2020-6-22 21:29:14

试试复合物冻结一个分子算振动光谱，但是这样振动分析必然有虚频，不知道结果是否可靠

doublezhang · 发表于 Post on 2020-6-22 21:36:46

gaussian 频率分析输出文件里是每个原子的每个振动的坐标吧，我记得。
你只要勤快一点，手动把它们拆开……

pyscf · 发表于 Post on 2020-6-22 21:47:17

10.1021/acs.jctc.7b01171 这篇文章的方法不知道是不是你想要的

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-23 00:34:01

Gaussian没法严格这么做。有些程序支持有效势，在一定程度上可以达到这个目的

sdd3390 · 发表于 Post on 2020-6-23 05:59:24

感謝各位先進的回答
我曾經想用ONIOM辦到這件事
但是卡在ONIOM中 high low level 之間必須有link atom
但我的系統中 A和 B 分子之間並無任何 link atom
能否讓ONIOM 不去檢查 link atom 然後計算? 要不就只能試試 ORCA的 QM/MM模組了

pyscf · 发表于 Post on 2020-6-23 09:50:41

sdd3390 发表于 2020-6-23 05:59
感謝各位先進的回答
我曾經想用ONIOM辦到這件事
但是卡在ONIOM中 high low level 之間必須有link atom

四楼提到的gsva方法就是基于subsystem的而且有现成的程序可以用
https://github.com/zorkzou/UniMoVib

sdd3390 · 发表于 Post on 2020-6-23 14:07:50

感謝 pyscf 提供的資訊很有幫助

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