求助为什么蛋白质-小分子对接中输出配体仅有小分子的阴离子

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-7-22 20:02:16

在蛋白质-小分子的分子对接中,小分子我使用的是一种氨基酸离子液体,由阴离子与阳离子以不连接的状态组成,如下图.

这种氨基酸离子液体的阳离子就是其他药物小分子改造的,希望通过制成离子液体增强它的效果.
可在分子对接后,输出配体却只显示阴离子,复合体和对接位点也都只有阴离子,如下图.
只有将阴阳离子连接时才会一同显示,但是连接后通常情况就不属于离子液体了.

请问造成这种现象的原因是什么?是这种离子组成的小分子都会这样?还是我对小分子缺乏前期处理?

小分子与蛋白质的附加如下

分子对接.rar (163.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

dzdhp · 发表于 Post on 2024-7-23 10:12:10

就算对接上了离子液体也莫得意义，它到体内也不可能以阴阳离子复合物的形式跟蛋白复合的，直接接你的目标药物分子

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-23 10:26:56

对接的时候请输入单一配体就可以，即使你的配体是阳离子也没关系，不要画蛇添足的给他补阴离子，阴离子本身又不会和蛋白结合。

还有Tamoxifen之类ER调节剂上市都快50年了，除非是练习对接操作为目的，否则别浪费时间在这种东西上了，能研究的基本都被榨干了。

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