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[GROMACS] 求助 用GAFF和opls力场模拟聚合物与实验性质不符怎么调参数?

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楼主
分别用GAFF和opls力场模拟了聚合物的玻璃化转变温度,发现均比实测Tg大,请问要怎么修改参数呢?

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2#
发表于 Post on 2020-5-28 03:43:42 | 只看该作者 Only view this author
不知道楼主用的Charge是什么 是参数自带的还是自己计算拟合的 OPLS力场的话 一般用的是Gaussian算ChelpG 然后0.8*ChelpG进行修改

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3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-28 07:12:40 | 只看该作者 Only view this author
SherryLiu 发表于 2020-5-28 03:43
不知道楼主用的Charge是什么 是参数自带的还是自己计算拟合的 OPLS力场的话 一般用的是Gaussian算ChelpG 然 ...

GAFF力场用的RESP电荷,OPLS力场用的CM5*1.2

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truffle

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发表于 Post on 2020-5-28 09:43:53 | 只看该作者 Only view this author
聚合物的Tg不太好模拟准确,Tg和实际研究聚合物的分子量有很大关系,不知你模拟和实测的分子量是否一致。而且升温和降温以及升降温速率快慢对测得Tg都有不少影响。
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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发表于 Post on 2020-5-28 15:49:27 | 只看该作者 Only view this author
OPLS CM5*1.2原文也是做各种溶剂下的模拟的,模拟高分子熔体是否合适呢?

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6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-28 16:30:39 | 只看该作者 Only view this author
苏玖染 发表于 2020-5-28 15:49
OPLS CM5*1.2原文也是做各种溶剂下的模拟的,模拟高分子熔体是否合适呢?

我再优化下结构,用resp电荷做下看看

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7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-28 16:35:05 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2020-5-28 09:43
聚合物的Tg不太好模拟准确,Tg和实际研究聚合物的分子量有很大关系,不知你模拟和实测的分子量是否一致。而 ...

分子量选的低聚物的,5个重复单元和50个重复单元的,Tg均比实验值高20-30K,升温退火按照文献中的方法(有用materials studio,compass力场做70个重复单元的,只比实验值高几K)

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8#
发表于 Post on 2020-5-28 16:39:09 | 只看该作者 Only view this author
万年流星 发表于 2020-5-28 16:35
分子量选的低聚物的,5个重复单元和50个重复单元的,Tg均比实验值高20-30K,升温退火按照文献中的方法( ...

不做退火,直接恒温恒压平衡模拟,到平衡状态,计算平均密度

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9#
发表于 Post on 2020-7-15 12:03:06 | 只看该作者 Only view this author
楼主你好,我目前也遇到类似问题,不知道应该如何优化已有的力场文件,尤其是对于聚合物熔体体系,好像没有现成的针对这类体系的电荷优化方法,似乎只有COMPASSII针对聚合物体系做过一些优化,不过参数不公开是个比较头疼的事情,不知到楼主用OPLS+RESP电荷效果怎么样?

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