请问该文献的四面体熵是如何通过gmx计算的

一条君 · 发表于 Post on 2023-2-20 23:24:27

本帖最后由一条君于 2023-2-20 23:25 编辑

（1）该文献的四面体熵计算公式如图1，请问是通过什么软件或是代码实现的呢？（2）文中提及的四面体序参数Qtet计算方法如图2，略区别于gmx hydorder的方法，如图3，那么用gmx hydorder的方法求得的四面体序参数能否代入图1的四面体熵的计算公式呢。（3）gmx hydorder的方法能求出图1中四面体序参数的概率分布（图4）吗（看手册的输出文件好像没有），如果不能，应该怎么人为实现呢。谢谢~
文献见附件

gytttt · 发表于 Post on 2024-6-7 09:25:21

您好，想问问您这个问题已经解决了吗，是否能跟您讨教一下呢

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-6-7 11:01:13

gytttt 发表于 2024-6-7 09:25
您好，想问问您这个问题已经解决了吗，是否能跟您讨教一下呢

http://bbs.keinsci.com/thread-39454-1-1.html
这里有图2的代码，其他的可以对照着这个自己编程实现

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[GROMACS] 请问该文献的四面体熵是如何通过gmx计算的

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